基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1307305：基于BGI Stereo-seq的腹膜转移空间转录组图谱

该数据集名为 PRJNA1307305: Spatial Transcriptomic Profiling of Peritoneal Metastases Using BGI Stereo-seq，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在分类上属于肿瘤 / 腹膜癌病方向。数据集的核心内容是针对腹膜转移样本开展的空间转录组分析：研究采用 BGI Stereo-seq（SpaTial Enhanced REsolution Omics-sequencing）平台，对两例腹膜转移患者的组织样本进行空间转录组检测，获得空间分辨的基因表达图谱。这些图谱可用于探索腹膜转移组织的分子结构，帮助研究者从空间维度理解基因表达在组织中的分布特征。数据集的主题标签为 Other，整体定位是面向腹膜转移空间转录组研究的数据资源，适合关注肿瘤转移微环境、空间表达模式以及腹膜癌病分子机制的研究人员参考使用。

【数据集背景】

腹膜转移是肿瘤研究中的重要方向，其组织结构和分子特征往往具有明显的空间异质性。传统的转录组测序通常将组织打碎后混合检测，难以保留基因表达在组织切片中的位置信息。空间转录组技术则能够在保留组织空间结构的前提下，对基因表达进行定位和定量分析。该数据集正是围绕这一需求，利用 BGI Stereo-seq 平台对腹膜转移组织进行空间转录组分析，旨在提供空间分辨的基因表达图谱，为探索腹膜转移的分子结构提供数据基础。数据集所属分类为肿瘤 / 腹膜癌病，主题标签为 Other，来源站为 NCBI。

【数据内容】

该数据集提供的是空间分辨的基因表达图谱，来源于两例腹膜转移患者的组织样本。研究使用 BGI Stereo-seq 平台进行空间转录组分析，因此数据内容围绕空间转录组展开，能够反映基因表达在组织空间中的分布情况。源站描述指出，该数据集可用于探索腹膜转移的分子结构。除上述信息外，关于具体样本数量、切片数量、基因数量、表达矩阵规模、空间分辨率等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为 PRJNA1307305: Spatial Transcriptomic Profiling of Peritoneal Metastases Using BGI Stereo-seq。研究采集了两例腹膜转移患者的组织样本，并采用 BGI SpaTial Enhanced REsolution Omics-sequencing（Stereo-seq）平台进行空间转录组分析。该平台名称在源站描述中明确出现，是数据集采集与检测方法的核心技术信息。关于样本采集的具体机构、伦理审批信息、患者临床背景、样本处理流程、测序深度等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于探索腹膜转移分子结构的空间转录组研究。由于数据提供了空间分辨的基因表达图谱，可用于分析基因表达在组织中的空间分布模式，进而帮助理解腹膜转移组织的分子架构。其分类为肿瘤 / 腹膜癌病，因此适合肿瘤转移、腹膜癌病、空间转录组方法应用等方向的研究人员参考。主题标签为 Other，说明其主题归类较为宽泛。关于该数据集是否适用于特定分析流程、是否可用于临床诊断或预后判断，源站未提供。

【使用方法】

该数据集来自 NCBI，用户可通过 ncbi.nlm.nih.gov 获取。由于数据集基于 BGI Stereo-seq 平台产生，使用时应结合空间转录组数据的常规分析思路，例如空间表达可视化、区域差异分析等。但关于具体的数据格式、文件组织方式、是否附带分析代码、是否需要特定软件处理、是否有配套的标准化流程，源站未提供。用户需根据 NCBI 页面上的实际数据说明进行下载和使用。

【质量与限制】

该数据集基于两例腹膜转移患者的组织样本，样本量信息在源站描述中明确为两例。源站描述强调其提供空间分辨的基因表达图谱，可用于探索腹膜转移的分子结构。关于数据质量指标、测序质量、空间分辨率、基因覆盖度、批次效应、样本代表性等，源站未提供。由于仅涉及两例患者，在推广到更广泛人群或结论外推时需谨慎。其他质量与限制信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI，数据集英文名称为 PRJNA1307305: Spatial Transcriptomic Profiling of Peritoneal Metastases Using BGI Stereo-seq。关于具体的引用方式、许可协议、使用限制、是否允许商业用途、是否需要联系原作者或数据提交者等，源站未提供。用户在使用时应访问 ncbi.nlm.nih.gov 查看该数据集页面的最新说明，并遵循 NCBI 及相关数据提交方的要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE305627

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1307305

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究应用华大时空组学技术（Stereo-seq）平台，对两名腹膜转移患者的组织样本进行了空间转录组分析。该数据集提供了空间分辨的基因表达图谱，可用于探索腹膜转移的分子结构。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别