全基因组测序指导胰腺癌治疗选择
胰腺癌全基因组测序数据集，用于治疗选择指导。
基本信息
资源简介
全基因组测序指导胰腺癌治疗选择
【一句话概览】
本数据集是 BioStudies 公开的组学数据集，主题涵盖 Homo sapiens，可用于生物标志物发现与分子分型研究。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Whole Genome Sequencing Informs Therapeutic Selection for Pancreatic Cancer》。
【数据内容】
源站原始描述：Pancreatic cancer remains one of the most lethal of malignancies and a major health burden. We performed whole genome sequencing and CNV analysis of 100 pancreatic ductal adenocarcinomas. Chromosomal rearrangements leading to gene disruption were frequent, affecting genes known to be important in pancreatic cancer (TP53, SMAD4, CDKN2A, ARID1A, ROBO2) and novel candidate drivers of pancreatic carcinogenesis (KDM6A and PREX2). Patterns of structural variation classified PDAC into 4 subtypes with p…
【主题与分类】
主题标签：Homo sapiens。
【适用方向】
组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ArrayExpress/studies/E-GEOD-61502
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ArrayExpress/studies/E-GEOD-61502
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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