细胞外基质对胰腺癌患者来源类器官精准医疗效用的影响
研究不同基底膜提取物对胰腺癌类器官增殖、药物反应和基因表达的影响的RNA-seq数据集。
基本信息
资源简介
细胞外基质对胰腺癌患者来源类器官精准医疗效用的影响
【一句话概览】
本数据集是 NCBI 公开的组学数据集，收录 1 个文件，主题涵盖 GPL24247、9606，可用于生物标志物发现与分子分型研究。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《The impact of extracellular matrix on the precision medicine utility of pancreatic cancer patient-derived organoids》。源站首次发布：May 10 202。
【数据内容】
源站原始描述：Organoids are cultivated in extracellular matrix from different basement membrane extracts (BMEs) that are most commonly acquired commercially. However, the impact of different sources and lots of BMEs on organoid drug response is unknown. Here, we tested the impact of BME source and lot on proliferation, chemotherapy and targeted therapy drug response, and global gene expression in mouse and human pancreatic ductal adenocarcinoma organoids
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：类器官是在由不同基底膜提取物（BMEs）构成的细胞外基质中培养的，这些基底膜提取物通常通过商业途径获得。然而，不同来源和批次的BMEs对类器官药物反应的影响尚不清楚。在此，我们检测了BME来源和批次对小鼠和人胰腺导管腺癌类器官的增殖、化疗和靶向治疗药物反应以及全局基因表达的影响。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个。
【主题与分类】
主题标签：GPL24247、9606。
【适用方向】
组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE232170
【使用注意】
· 源站最后修改于 Mar 07 202，引用时请注意版本时效。
下载信息
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源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE232170
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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