17例ESCC全基因组测序与71例全外显子组测序
该数据集来自omicsdi.org，包含17例食管鳞状细胞癌（ESCC）的全基因组测序和71例的全外显子组测序数据，属于国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目的一部分
基本信息
资源简介
17例ESCC全基因组测序与71例全外显子组测序
该数据集收录了食管鳞状细胞癌（ESCC）的基因组测序数据，涵盖17例全基因组测序与71例全外显子组测序，属于国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目的组成部分。食管癌是全球第六大癌症死亡原因，约70%的全球食管癌病例发生在中国，其中90%以上的组织病理学类型为食管鳞状细胞癌。由于早期诊断和治疗手段有限，患者五年生存率仅约10%，导致ESCC发病的完整基因组事件图谱仍不清晰。该数据集以基因组学为主题，为探索ESCC的基因组特征提供了测序层面的基础资料，本站将其归类于肿瘤/其他类别。
【数据集背景】
食管癌是一种侵袭性较强的恶性肿瘤，在全球癌症死亡原因中位居第六。全球约70%的食管癌发生在中国，超过90%的病例组织病理学形式为食管鳞状细胞癌（ESCC）。目前针对ESCC的早期诊断与治疗临床手段有限，患者五年生存率约为10%。与此同时，导致ESCC发病的完整基因组事件图谱仍不清楚。该数据集正是在这一背景下产生，作为国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目的一部分，对ESCC病例开展综合基因组分析，以补充该疾病基因组层面的认识。
【数据内容】
该数据集的核心内容是食管鳞状细胞癌病例的测序数据，具体包括17例ESCC病例的全基因组测序，以及71例病例的全外显子组测序。源站描述还提及，在158例ESCC病例的综合基因组分析框架下，其中53例病例及另外70例ESCC病例接受了阵列比较基因组（array comparative genomic）相关检测，但源站描述在此处截断，未提供该部分检测的完整方法与结果信息。数据集的主题标签为基因组学（Genomics），整体围绕ESCC的基因组变异信息展开。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org，源站描述指向国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目。源站给出的项目链接为 http://icgc.org/icgc/cgp/72/371/1001734。数据涉及158例ESCC病例的综合基因组分析，其中全基因组测序17例、全外显子组测序71例。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批及具体测序平台等信息，源站未提供。
【适用场景】
基于现有信息，该数据集适用于食管鳞状细胞癌基因组学相关的研究场景，例如对ESCC病例全基因组与全外显子组层面变异特征的探索，以及作为ICGC相关研究项目的数据组成部分用于比较或整合分析。数据集的主题标签为基因组学，提示其可用于基因组层面的研究用途。关于具体的分析应用方向与验证场景，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件格式、数据处理流程及分析工具等信息。
【质量与限制】
源站未提供该数据集的质量评估信息。就现有描述而言，该数据集的全基因组测序样本量为17例、全外显子组测序样本量为71例，样本规模相对有限；源站描述中关于阵列比较基因组检测的部分内容不完整，相关方法细节与结果未予说明。其余质量控制指标与使用限制，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001000709
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
食管癌是最具侵袭性的癌症之一，也是全球第六大癌症死亡原因1。全球约70%的食管癌发生在中国，其中90%以上的组织病理学类型为食管鳞状细胞癌（ESCC）2-3。目前，ESCC的早期诊断和治疗的临床手段有限，患者5年生存率仅为10%。同时，导致ESCC发病的全套基因组事件仍不清楚。在此，我们展示了158例ESCC病例的综合基因组分析，作为国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目的一部分（http://icgc.org/icgc/cgp/72/371/1001734）。我们对17例ESCC病例进行了全基因组测序，对71例进行了全外显子组测序，其中53例及另外70例ESCC病例接受了微阵列比较基因组杂交（a-CGH）分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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