临床极端表型卵巢透明细胞癌全外显子组测序
该数据集来自澳大利亚卵巢癌研究（AOCS）与东京慈惠会医科大学（JIKEI）的卵巢透明细胞癌（OCCC）临床极端表型项目，包含10名供体的全外显子组测序数据
基本信息
资源简介
临床极端表型卵巢透明细胞癌全外显子组测序
该数据集为卵巢透明细胞癌（OCCC）临床极端表型项目的全外显子组测序数据，英文名称为 Whole-exome sequencing of ovarian clear cell carcinoma in clinical outliers，来源于 omicsdi.org，本站分类归入肿瘤 / 其他，主题标签为 Genomics。数据集整合了澳大利亚卵巢癌研究（AOCS）与东京慈惠会医科大学（JIKEI）两个来源的样本，共代表 10 名供体。卵巢透明细胞癌通常对以铂类为基础的化疗表现出耐药性，但仍有部分患者可获得较好的临床结局。该数据集正是针对这一临床异质性，选取了生存期异常长（N=5）或疾病进展时间极短（N=5）的两类极端表型患者，对其开展全外显子组测序，以支持从基因组层面探索与临床结局相关的潜在变异特征。
【数据集背景】
卵巢透明细胞癌（OCCC）是卵巢癌的一种组织学亚型，临床上常表现出对铂类化疗的耐药性，但患者之间的临床结局差异显著：一部分患者即使接受标准治疗仍很快出现疾病进展，而另一部分患者则获得异常长的生存期。这种极端表型的存在提示，肿瘤的基因组特征可能在其中扮演重要角色。为系统研究这一现象，澳大利亚卵巢癌研究（AOCS）与东京慈惠会医科大学（JIKEI）联合开展了 OCCC 临床极端表型项目，本数据集即为该项目的全外显子组测序成果，聚焦于临床极端表型患者的基因组信息。
【数据内容】
该数据集为全外显子组测序数据，覆盖 10 名供体。按照临床表型划分，其中 5 名患者具有异常长的生存期，另外 5 名患者的疾病进展时间极短。数据集的主题标签为 Genomics，本站分类为肿瘤 / 其他。除上述样本数量与表型分组信息外，源站未提供关于测序深度、覆盖度、变异检出数量、具体基因列表或数据文件格式等更细粒度的描述。
【采集与来源】
数据来源于两个临床研究机构：澳大利亚卵巢癌研究（AOCS）与东京慈惠会医科大学（JIKEI）。这两个来源共同构成了该 OCCC 临床极端表型项目的样本基础，合计代表 10 名供体。数据集的来源站为 omicsdi.org。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及测序平台等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于围绕卵巢透明细胞癌临床极端表型开展的基因组学研究，例如比较生存期异常长与疾病进展极快两类患者在全外显子组层面的差异，探索可能与铂类耐药或良好临床结局相关的候选变异。同时，也可作为 OCCC 相关研究中的极端表型样本资源，用于假设生成或与其他队列的整合分析。由于样本量有限，使用时应将其定位为探索性研究的数据基础，而非用于得出具有普遍性的结论。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、文件组织格式、分析流程建议或配套工具等。使用者需依据来源站 omicsdi.org 的指引获取数据，并结合自身研究目的选择适当的全外显子组分析流程。
【质量与限制】
该数据集最明显的限制在于样本量较小，仅包含 10 名供体，且按临床表型分为两组，每组各 5 名。这一规模适合探索性分析，但统计效力有限，难以支持稳健的关联结论。此外，关于测序质量指标、覆盖均一性、变异过滤标准以及是否存在批次效应等信息，源站未提供。使用者在解释结果时需充分考虑这些不确定性。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。使用者在使用前应自行查阅来源站 omicsdi.org 及相关原始项目页面，确认适当的引用格式与数据使用许可。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001004248
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
澳大利亚卵巢癌研究（AOCS）与东京慈惠会医科大学（JIKEI）卵巢透明细胞癌（OCCC）临床异常病例项目的全外显子组测序数据集，代表10名供体。尽管OCCC通常对铂类化疗耐药，但在一部分患者中观察到良好的临床结果。对10名患者进行了外显子组测序，这些患者要么生存期异常长（N=5），要么疾病进展时间非常短（N=5）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
