全血RNA-seq揭示囊性纤维化患者发生非结核分枝杆菌肺病时宿主免疫反应增强

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源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A99a538b2f9857cb701df1c1f6fc7e02bdf18aa719581cfb78d02ea70f0b603ea

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数据说明

摘要

背景 囊性纤维化患者终生面临非结核分枝杆菌定植、感染及致病的风险升高。此前一项针对非囊性纤维化人群的研究报道了一种与非结核分枝杆菌肺病（NTM-PD）易感性相关的基因表达特征。在本研究中，我们旨在确定进展为NTM-PD的囊性纤维化患者是否具有与非囊性纤维化人群相似的基因表达模式。

方法 我们采用bulk RNA-seq对一组囊性纤维化患者进行了全血转录组学评估，样本采集时间最接近非结核分枝杆菌首次分离之时。研究人群包括在首次分枝杆菌生长后发生（n = 12）和未发生（n = 30）NTM-PD的患者。NTM-PD的进展由两位专家临床医生基于临床、微生物学和影像学信息的综合评审一致判定。差异基因表达通过DESeq2确定。

结果 基线时，各组之间在人口统计学特征或白细胞群体组成上未发现差异。在非囊性纤维化人群中与NTM-PD相关的213个基因中，在我们的囊性纤维化NTM-PD队列中仅有2个存在显著差异。对差异表达结果的基因集富集分析显示，发生NTM-PD的CF个体中，参与干扰素（α和γ）、肿瘤坏死因子以及IL6-STAT3-JAK通路的基因表达水平更高。结论 与非囊性纤维化人群相比，发生NTM-PD的囊性纤维化患者的基因表达特征以固有免疫反应增强为特点。方法研究人群与临床数据 本研究是一项二次数据分析，使用了经不列颠哥伦比亚大学-普罗维登斯医疗C批准的“CF生物标志物”队列的血液样本和数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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