克隆相关神经母细胞瘤与畸胎瘤的WES数据

该数据集来自omicsdi.org,收录克隆相关神经母细胞瘤与畸胎瘤的全外显子测序数据。源站描述指出,成熟畸胎瘤通常为良性、极少恶变,本数据涉及一例起源于卵巢成熟畸胎瘤的晚期神经母细胞瘤;全外显子测序在神经母细胞瘤与畸胎瘤成分中均检出广泛的拷贝中性杂合性缺失,提示神经母细胞瘤由畸胎瘤演化而来

omicsdi
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基因组分类Genomics
WES of clonally related neuroblastoma and teratoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-30

资源简介

克隆相关神经母细胞瘤与畸胎瘤的WES数据

该数据集收录克隆相关神经母细胞瘤与畸胎瘤的全外显子测序数据,来源于omicsdi.org,归类于肿瘤/其他方向,主题标签为基因组学。其核心科学背景是一例罕见的临床情形:成熟畸胎瘤通常为良性肿瘤,极少发生恶性转化,而本数据涉及一例起源于卵巢成熟畸胎瘤的晚期神经母细胞瘤。全外显子测序分析在神经母细胞瘤与畸胎瘤两种成分中均检出广泛的拷贝中性杂合性缺失,这一发现提示神经母细胞瘤可能由畸胎瘤演化而来。该数据集为研究畸胎瘤恶性转化机制、克隆演化关系以及拷贝中性杂合性缺失在肿瘤发生中的作用提供了全外显子层面的测序资料。

【数据集背景】

成熟畸胎瘤在临床上通常被认为是良性肿瘤,恶性转化的情形十分罕见,因此相关分子层面的研究资料相对有限。本数据集所对应的研究报道了一例发生于卵巢成熟畸胎瘤中的晚期神经母细胞瘤,属于畸胎瘤恶性转化的特殊案例。研究者通过全外显子测序对神经母细胞瘤成分与畸胎瘤成分进行比较分析,试图从基因组变异的角度理解两者之间的关系。测序结果显示,两种成分中均存在广泛的拷贝中性杂合性缺失,这一共享的基因组特征为“神经母细胞瘤由畸胎瘤演化而来”的推断提供了支持。该数据集即围绕这一病例的全外显子测序工作而建立,服务于肿瘤克隆演化与恶性转化研究。

【数据内容】

该数据集的内容为克隆相关神经母细胞瘤与畸胎瘤的全外显子测序数据,覆盖神经母细胞瘤与畸胎瘤两种组织成分。全外显子测序的目标区域为基因组中的蛋白编码外显子区域,可用于检测点突变、插入缺失以及拷贝数相关变异等。在本研究中,测序分析的重点结果是两种成分中均检出广泛的拷贝中性杂合性缺失,即杂合性缺失事件不伴随拷贝数目的明显改变。除上述描述外,数据集所包含的样本数量、测序平台、数据文件格式与具体变异位点列表等信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于omicsdi.org,在站内归入肿瘤/其他分类,主题标签为基因组学。其对应的研究材料为一例卵巢成熟畸胎瘤中发生的晚期神经母细胞瘤,测序对象包括神经母细胞瘤与畸胎瘤两种成分。关于样本采集的具体时间、地点、机构、伦理审批信息以及测序服务的提供方等,源站未提供。

【适用场景】

基于其内容特征,该数据集可适用于以下方向:畸胎瘤恶性转化机制的探索,尤其是成熟畸胎瘤向神经母细胞瘤演化的分子证据分析;肿瘤克隆演化研究,利用两种成分共享的基因组变异推断演化关系;拷贝中性杂合性缺失的识别与特征分析;以及全外显子测序数据在罕见肿瘤病例中的方法学参考。此外,该数据也可作为肿瘤基因组学教学与案例分析中的实例素材。需要说明的是,上述适用方向系依据数据内容与主题标签所作的领域通用性说明,源站未就具体应用场景作出限定。

【使用方法】

该数据集为全外显子测序数据,常规使用方式包括:对测序读段进行质量控制与比对,开展变异检测与注释,识别点突变、插入缺失及拷贝数变异;针对拷贝中性杂合性缺失,可结合杂合性位点的等位基因频率分布进行分析;在神经母细胞瘤与畸胎瘤两种成分之间进行比较,评估共享变异与差异变异,从而推断克隆关系与演化路径。具体的数据文件组织方式、参考基因组版本、分析流程与参数设置等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于单一病例的神经母细胞瘤与畸胎瘤配对样本,属于个案层面的研究资料,其结论的外推需谨慎。源站描述中给出的核心发现为两种成分中广泛的拷贝中性杂合性缺失,并据此提示神经母细胞瘤由畸胎瘤演化而来,这一推断基于基因组变异的共享特征。关于测序深度、覆盖度、数据量、质控指标、样本纯度与验证实验等质量相关信息,源站未提供。使用者在解读结果时应结合上述局限加以考虑。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、原始文献信息、数据许可协议与使用条款,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据前,应自行向数据来源方核实相关要求。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001005116

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

成熟畸胎瘤通常为良性肿瘤,极少发生恶性转化。我们报告一例起源于卵巢成熟畸胎瘤的晚期神经母细胞瘤。全外显子组测序在神经母细胞瘤和畸胎瘤成分中均鉴定出广泛的拷贝数中性LOH,提示神经母细胞瘤由畸胎瘤演化而来。

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