胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌及结直肠癌手术或活检患者的组织采集

该数据集来自clinicaltrials.gov,面向接受手术或活检的胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌及结直肠癌患者,采集并储存正常与恶性组织及血液样本,每种肿瘤类型预计50至100例

University of ChicagoUniversity of Chicago
clinicaltrials
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基因组Gastric Cancers
Tissue Procurement for Gastric Cancer, Gastrointestinal Stromal Tumors (GIST), Esophageal Cancer, Pancreas Cancer, Hepatocellular Cancer, Biliary Cancer, Neuroendocrine, Peritoneal Mesothelioma, Anal Cancer and Colorectal Cancer in Patients Undergoing Surgery or Biopsy

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌及结直肠癌手术或活检患者的组织采集

该数据集来自 clinicaltrials.gov,面向接受手术或活检的胃癌、胃肠道间质瘤(GIST)、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌及结直肠癌患者,旨在采集并储存正常与恶性组织以及血液样本。按照源站描述,每种肿瘤类型预计采集50至100例。数据集围绕组织与血液样本的收集、储存和数据库建设展开,并计划为各胃肠道肿瘤亚型构建组织微阵列,同时允许访问相关临床信息以支持当前及未来的研究方案。本站将其归类于肿瘤 / 其他,主题标签为 Gastric Cancers。

【数据集背景】

该数据集所对应的研究聚焦于多种消化道及相关肿瘤,包括胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌和结直肠癌。研究背景建立在患者接受手术或活检的临床场景之上,通过采集正常与恶性组织以及血液样本,为后续研究提供生物样本基础。源站描述指出,该研究的目的之一是收集并储存上述多种肿瘤类型的正常和恶性组织,并采集和储存相应患者的血液样本。每种肿瘤类型预计50至100例,这一规模设定体现了研究对多癌种样本的系统性收集意图。同时,研究还希望创建所收集组织的数据库,并允许访问相关临床信息,以服务于当前和未来的研究方案。此外,针对每一种胃肠道肿瘤亚型,研究计划创建组织微阵列,以支持更深入的分析需求。

【数据内容】

数据内容主要包括正常与恶性组织样本、血液样本,以及围绕这些样本建立的数据库和相关临床信息。源站描述明确提到,采集和储存的对象涵盖胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌和结直肠癌患者的正常与恶性组织,并采集和储存这些患者的血液样本。每种肿瘤类型预计50至100例。除样本本身外,研究还计划创建所收集组织的数据库,并允许访问相关临床信息,以便用于当前和未来的研究方案。针对胃肠道肿瘤的各个亚型,即胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤等,研究还计划创建组织微阵列。关于样本的具体处理方式、储存条件、数据库字段结构、组织微阵列的具体规格等,源站未提供。

【采集与来源】

采集与来源方面,该数据集来自 clinicaltrials.gov,研究对象为接受手术或活检的患者。源站描述指出,采集对象包括胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌和结直肠癌患者。采集内容包括正常与恶性组织以及血液样本,每种肿瘤类型预计50至100例。采集场景明确为患者接受手术或活检的过程中。研究还计划创建所收集组织的数据库,并允许访问相关临床信息,以支持当前和未来的研究方案。关于具体的采集机构、采集时间跨度、样本运输与储存流程、知情同意细节、伦理审批信息等,源站未提供。

【适用场景】

适用场景主要围绕肿瘤研究中的生物样本使用与临床信息关联。源站描述提到,该研究旨在为当前和未来的研究方案提供支持,通过创建所收集组织的数据库并允许访问相关临床信息,使样本与临床数据能够用于后续研究。同时,针对每种胃肠道肿瘤亚型创建组织微阵列,可用于组织水平的分析研究。采集的正常与恶性组织以及血液样本,可用于胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌和结直肠癌相关的研究。关于具体的适用研究类型、分析平台、项目申请流程等,源站未提供。

【使用方法】

源站描述提到,研究将创建所收集组织的数据库,并允许访问相关临床信息,以用于当前和未来的研究方案。这意味着使用者可能通过该数据库获取组织样本及相关临床信息,并用于研究方案。此外,研究计划为每种胃肠道肿瘤亚型创建组织微阵列,供相关研究使用。关于如何申请访问、访问权限的审批机制、数据共享方式、样本分发流程、使用协议等,源站未提供。

【质量与限制】

源站描述中提及每种肿瘤类型预计50至100例,这属于计划采集规模。关于样本质量、数据完整性、随访信息、质量控制措施、偏倚控制、样本代表性等,源站未提供。该数据集来源于 clinicaltrials.gov,本站分类为肿瘤 / 其他,主题标签为 Gastric Cancers。关于研究的当前状态、是否已完成、样本是否已可用、数据库是否已建成等,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用与许可相关信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://clinicaltrials.gov/study/NCT01416714

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件:胃癌。本研究旨在收集并储存胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌和结直肠癌患者的正常及恶性组织,每种肿瘤类型预计收集50至100例。收集并储存胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌和结直肠癌患者的血液样本。建立所收集组织的数据库,并允许获取相关临床信息以供当前及未来方案使用。为每种胃肠道癌症亚型,即胃癌、GIST、食管癌、胰腺癌、肝细胞癌、胆道癌、神经内分泌肿瘤、腹膜间皮瘤、肛管癌和结直肠癌,创建组织微阵列,以促进未来的分子研究。授予Kindler医生、Salgia医生和Dr.

Catenacci向该数据库(正在采集)提供配对的病人组织样本(正常和恶性)及相关临床信息,用于研究酪氨酸激酶,如Met和Ron、受体酪氨酸激酶家族成员、STATs、桩蛋白、黏着斑蛋白、细胞运动/迁移蛋白、酪氨酸/丝氨酸/苏氨酸激酶家族成员、相关分子,以及参与胃肠道癌症发病机制的下游靶点。分子检测的示例包括评估DNA突变、选择性剪接变体、蛋白表达和磷酸化,以及对样本进行免疫组织化学检测。这些研究将与上述临床信息进行关联分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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