CPTAC肉瘤临床蛋白质组肿瘤分析联盟数据集

该集合包含来自美国国家癌症研究所临床蛋白质组肿瘤分析联盟肉瘤(CPTAC-SAR)队列的受试者。CPTAC是一项全国性努力,旨在通过应用大规模蛋白质组和基因组分析(即蛋白质基因组学)加速对癌症分子基础的理解

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2023-05-10 更新
浏览 2
医学影像分类肿瘤肉瘤蛋白质基因组学放射影像病理影像CPTAC
The Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium Sarcomas Collection

基本信息

模态
医学影像
大小
87.2 GB
任务类型
分类
创建/更新时间
2023-05-10

资源简介

CPTAC肉瘤临床蛋白质组肿瘤分析联盟数据集

The Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium Sarcomas Collection(CPTAC-SAR)是发布于癌症影像档案(cancerimagingarchive.net)的一个肿瘤类数据集,本站将其归入“肿瘤 / 其他”分类。该集合收录了来自美国国家癌症研究所临床蛋白质组肿瘤分析联盟肉瘤队列的受试者。CPTAC 是一项全国性努力,旨在通过应用大规模蛋白质组和基因组分析(即蛋白质基因组学)加速对癌症分子基础的理解。围绕这一目标,癌症影像档案负责收集并公开 CPTAC 患者的放射学与病理学图像,使研究人员能够探究可能与相应蛋白质组、基因组及临床数据相关联的癌症表型。每种癌症类型的影像各自构成一个 TCIA 集合,集合名称采用“CPTAC-癌症类型”的形式。

【数据集背景】

该数据集建立在 CPTAC 这一全国性研究努力之上。CPTAC 的核心目标是通过大规模蛋白质组与基因组分析,也就是蛋白质基因组学,加速对癌症分子基础的理解。作为该体系的一部分,癌症影像档案承担了将 CPTAC 患者的放射学与病理学图像收集并公开提供给研究界的职责,从而让影像表型能够与对应的蛋白质组、基因组和临床数据放在一起被研究。肉瘤队列(CPTAC-SAR)即是这一框架下按癌症类型划分的集合之一。

【数据内容】

该集合包含来自 CPTAC-SAR 队列受试者的放射学与病理学图像。按照 TCIA 的组织方式,每种癌症类型的影像收录在各自独立的集合中,本集合对应肉瘤这一类型。源站描述在此处中断,未完整给出该集合影像的具体模态构成、病例数量、文件数量或标注信息。

【采集与来源】

放射学影像来自患者在病理诊断之前即刻接受的标准诊疗成像,以及在可获得情况下的随访扫描。图像由癌症影像档案收集并公开。源站描述在此处中断,未完整说明随访扫描的具体范围与采集机构信息。

【适用场景】

依据源站说明,该集合的用途在于使研究人员能够探究可能与相应蛋白质组、基因组及临床数据相关联的癌症表型,即支持影像表型与蛋白质基因组学、基因组学及临床数据之间的关联研究。

【使用方法】

源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://cancerimagingarchive.net/collection/cptac-sar

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 87.20 GB。

数据说明

The Cancer Imaging Archive (2019). The Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium Sarcomas Collection [Dataset]. http://doi.org/10.7937/tcia.2019.9bt23r95

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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