系统性多组学细胞系图谱揭示Ewing sarcoma融合癌基因介导的基因调控原理

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD052856

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尤文肉瘤（EwS）的特征在于EWSR1-ETS融合转录因子将多态性GGAA微卫星（mSats）转化为强效的新生增强子。尽管额外突变的缺乏使EwS成为研究显性融合癌基因与新生增强子之间协同原理的真实模型，但经过充分表征的模型数量有限阻碍了这一研究。在此，我们呈现尤文肉瘤细胞系图谱（ESCLA），包含18个具有诱导型EWSR1-ETS敲低功能的细胞系的全基因组、DNA甲基化、转录组、蛋白质组和染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）数据。ESCLA揭示了数百个EWSR1-ETS靶标、EWSR1-ETS偏好性GGAA mSats的性质，以及EWSR1-ETS介导基因调控的推定间接模式，这些汇聚于一个特异但可塑的EwS特征的双重性之中。我们鉴定出异质性调控的EWSR1-ETS靶标作为潜在的预后EwS生物标志物。我们免费提供的ESCLA（http://r2platform.com/escla/）是EwS研究的丰富资源，并凸显了全面数据集在揭示嵌合转录因子异质性基因调控原理方面的强大能力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。