原发与复发/转移性头颈部鳞状细胞癌的时空演化及患者间异质性

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001007464

标准获取流程：

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数据说明

头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）在起源和病因学方面具有异质性。此外，从初诊到原发治疗后复发/转移（R/M）以及全身治疗后的进一步疾病进展，其时空遗传演化过程尚不明确。遗传谱的变化对患者合适治疗方案的选择具有影响，尤其是在靶向治疗和免疫治疗时代。本研究分析了11例伴有异时性R/M的HNSCC患者队列，其中9例具有适合下一代测序的配对原发和R/M样本（部分患者可获得不同时间点采集的多个R/M样本）。在基因组水平上，R/M样本与对应原发肿瘤共享一部分体细胞单核苷酸变异（SNV），但也获得了许多额外突变，仅丢失了少数突变。在比较原发与R/M样本之间突变特征的变化时也观察到类似现象。总体而言，R/M在遗传上似乎比相应的原发肿瘤更具多样性。

转录组分析显示，与原发性样本相比，复发/转移（R/M）样本的免疫细胞浸润较低，且几个与免疫反应相关的基因显著下调。我们的结果强调了每位患者分析多个样本以更全面了解其肿瘤的重要性，并主张在出现复发/转移和治疗失败时进行重新活检，以便选择最合适的治疗策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。