HIV-1 Tat诱导SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞失调的定量蛋白质组学分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD004241

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管高达70%的HIV阳性患者受到影响，并且HAND是40岁以下患者痴呆的首要原因，但HAND发病所涉及的分子机制尚不十分清楚。为此，我们对经HIV-Tat处理的SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞进行了基于SILAC的定量蛋白质组学分析。分离得到的蛋白质经SDS-PAGE分级分离，并在Orbitrap Velos上通过nLC-MS/MS进行分析。使用MaxQuant，我们鉴定并定量了3077个独特蛋白质组。统计分析鉴定出407个差异调控蛋白质，其中通过额外的基于标准差的截断值，29个被鉴定为高度显著且稳定失调的蛋白质。GO术语分析显示蛋白质翻译机器和细胞骨架调控均出现失调，这两者均与其他痴呆症有关。此外，一些关键的细胞骨架调控蛋白如ARHGEF17、Rho GTP酶、SHROOM3和CMRP1表达下调。总之，我们表明HIV-Tat可使神经元细胞骨架调控蛋白失调，这可能导致HAND的主要临床表现——突触丢失。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。