髓母细胞瘤蛋白质组学分析

主题标签:髓母细胞瘤、蛋白质组学、肿瘤、Proteomics。本数据集为肿瘤领域公开数据集,主题涵盖髓母细胞瘤。本数据集为肿瘤领域的基因组公开数据集,来源:google_dataset,主题涵盖髓母细胞瘤。

google_dataset
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基因组髓母细胞瘤蛋白质组学肿瘤Proteomics
Proteomics analysis of Medulloblastoma

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-27

资源简介

髓母细胞瘤蛋白质组学分析

Proteomics analysis of Medulloblastoma 是一个面向肿瘤研究领域的公开蛋白质组学数据集,主题聚焦于髓母细胞瘤(Medulloblastoma)。该数据集由 Vanessa Masson 提交,收录于 EBI(欧洲生物信息学研究所)旗下的 PRIDE 蛋白质组学数据存档平台,项目编号为 PXD053458。从主题构成来看,该数据集同时关联髓母细胞瘤、蛋白质组学、肿瘤与 Proteomics 等关键词,属于肿瘤学与蛋白质科学交叉方向的数据资源。对于关注儿童中枢神经系统肿瘤分子机制、生物标志物发现以及蛋白质层面表达特征的研究者而言,该数据集提供了一个可公开获取的数据入口。以下将围绕该数据集的背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量限制与引用许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

髓母细胞瘤是中枢神经系统常见的胚胎性肿瘤,其发生发展涉及复杂的分子改变。蛋白质组学作为在蛋白质层面系统刻画样本组成与丰度变化的研究手段,能够补充基因组与转录组信息,为理解肿瘤生物学特征提供直接证据。该数据集以“Proteomics analysis of Medulloblastoma”为题,正是围绕这一肿瘤类型开展的蛋白质组学分析所形成的数据集合,归属于肿瘤/其他分类之下,服务于相关基础与转化研究。

【数据内容】

该数据集的主题涵盖髓母细胞瘤与蛋白质组学,属于肿瘤领域的公开数据集。其内容围绕髓母细胞瘤样本的蛋白质组学分析展开。关于具体的样本数量、质谱平台型号、实验分组设计、鉴定到的蛋白质或肽段数目等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,即欧洲生物信息学研究所维护的 PRIDE Archive 蛋白质组学数据存档平台,项目访问地址为 https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD053458。数据由 Vanessa Masson 提交并以数据集形式发布。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息及具体实验流程,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签,该数据集可适用于髓母细胞瘤相关的蛋白质组学研究,例如作为蛋白质表达层面的参考数据,用于肿瘤分子特征分析、候选生物标志物探索,或与其他组学数据结合开展整合分析。同时,作为公开存档数据,也可用于蛋白质组学方法学比较与数据再利用研究。关于该数据集是否适用于特定分析流程或特定亚型研究,源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 PRIDE Archive 项目页面公开访问,使用者可依据项目编号 PXD053458 在 ebi.ac.uk 上检索并获取。关于数据文件的具体格式、下载方式、配套分析工具及使用协议细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为公开存档的蛋白质组学数据,其质量控制指标、数据完整性评估及已知技术局限,源站未提供。使用者在再利用时应结合自身研究目的审慎评估数据的适用性。

【引用与许可】

引用该数据集时,可参考源站描述中给出的形式:Vanessa Masson, Proteomics analysis of Medulloblastoma [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD053458。关于该数据集的具体许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD053458

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Vanessa Masson, Proteomics analysis of Medulloblastoma [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD053458

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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