食管腺癌及癌前病变组织样本的polyA+ RNA测序处理数据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-10005

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在过去的几十年里，西方人群中食管腺癌的发病率急剧上升。为了改善极低的生存率，迫切需要更深入地理解疾病病因，并识别新的预后和预测生物标志物。在此，我们对17名被诊断为食管腺癌、高级别不典型增生或非不典型增生巴雷特食管的患者进行了多种样本的全面RNA（包括编码和非编码）分析。每位患者均包含了血浆样本、健康食管组织样本及病变组织样本。总体而言，这个综合数据集由来自51个样本的102个RNA测序文库组成。本研究的原始数据已提交至受控访问档案库EGA，提交编号为EGAS00001004939。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。