托法替布治疗溃疡性结肠炎患者的处理后批量RNA测序计数与Olink Explore 384 NPX数据（TOFA-组织学多组学子研究）

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源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23210920

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数据说明

来自40例溃疡性结肠炎患者的基因水平批量RNA-seq计数（发炎的结肠活检组织及外周血）和Olink Explore 384 NPX值（发炎的结肠活检组织及血清），这些样本分别在托法替布治疗前（第0周）和治疗8周后采集，患者被分类为应答者（N = 15）、延迟应答者（N = 13）或无应答者（N = 12）。总共进行了127对配对的RNA-seq和OLINK测量。数据包括一个假名化的样本表、基因和检测注释，以及相关出版物中报告的差异表达和基因集富集结果。RNA测序（rnaseq.csv）读段使用STAR比对软件（v2.7.10a）比对到人类参考基因组（GRCh38）。基因水平读段计数使用Subread软件包（v2.0.1）中的featureCounts获得，基因模型采用Gencode（v38）。行名代表Ensembl基因标识符，列名代表样本标识符，用于将其与样本元数据连接。

Olink（npx.csv）蛋白质组学分析采用Olink Explore 384检测试剂盒进行，该试剂盒结合了心血管代谢、炎症、神经学和肿瘤学面板（瑞典乌普萨拉Olink Proteomics AB），产生了大约1500种蛋白质的表达谱。NPX值以长格式存储。各列分别表示：Index OlinkID：Olink标识符 Uniprot：Uniprot蛋白质标识符 Assay：蛋白质符号 MissingFraction：具有值的样本百分比 Panel：Olink Explore 384面板 Panel_Lot_Nr：Olink Explore 384面板批次号 PlateID：板标识符 QC_Warning：样本警告 LOD：检测限（LOD），指示蛋白质的最低可测量值 NPX：标准化蛋白质表达 Normalization：内部和板间对照（IPC），用于中位数中心化并调整跨运行的蛋白质表达信号。Assay_Warning：测定质量控制 SampleID：用于连接到样本元数据的样本标识符。Tissue：组织类型 Sample_description：样本描述 样本元数据（sample_m

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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