基本信息

模态

其他

创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

克隆性造血驱动骨髓微环境纤维化重塑数据集3

PRJNA1480788 是一个来自 NCBI BioProject 数据库的数据集记录，其完整英文名称为“Clonal Hematopoiesis Drives Fibrotic Remodeling of the Bone Marrow Microenvironment [dataset 3]”。该数据集在源站被归类于肿瘤 / 其他类别，主题标签为“Other”。BioProject 作为生物数据集合，旨在汇集与单一研究计划相关的多种生物数据类型，由单一机构或联盟发起，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的各类数据链接。该数据集围绕克隆性造血驱动骨髓微环境纤维化重塑这一研究方向，属于该研究计划下的第三个数据集记录，为相关领域的研究人员提供了可追溯、可关联的数据资源入口。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，源站标题为“Clonal Hematopoiesis Drives Fibrotic Remodeling of... (ID 1480788) - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一项资源，其设计目的是将同一个研究计划或项目所产生的多种生物数据集中收录在一起。一个 BioProject 记录通常源自单一组织或联盟，并作为该项目所有相关数据类型的统一查找入口。该数据集所属的研究方向涉及克隆性造血与骨髓微环境纤维化重塑之间的关系，属于肿瘤相关研究范畴。源站未提供该数据集的具体研究背景、立项机构、资助信息或研究时间范围等详细内容。

【数据内容】

该数据集被标记为“dataset 3”，表明它是一个更大研究计划中的第三个数据集。BioProject 记录本身并不直接存储所有原始数据，而是提供指向该项目所产生的各类生物数据的链接。因此，该数据集的内容涵盖范围可能包括与克隆性造血驱动骨髓微环境纤维化重塑相关的多种数据类型，但源站未提供该数据集具体包含哪些类型的数据、样本数量、数据格式或数据规模等信息。主题标签为“Other”，说明其未被归入更具体的标准主题分类中。源站未提供该数据集的具体数据内容细节。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）的官方网站。BioProject 记录由单一机构或联盟发起，作为该研究计划的数据汇总入口。该数据集的英文名称中包含“PRJNA1480788”，这是其在 NCBI BioProject 数据库中的唯一标识符。源站未提供该数据集的具体采集方法、样本来源、实验设计、测序平台或数据处理流程等信息。

【适用场景】

该数据集适用于需要查找或关联“克隆性造血驱动骨髓微环境纤维化重塑”相关研究数据的用户。由于 BioProject 提供统一入口以查找项目产生的各类数据链接，该数据集可用于帮助研究人员定位该研究计划下的第三个数据集所涉及的数据资源。其主题标签“Other”和分类“肿瘤 / 其他”表明，它可能适用于肿瘤学、血液学或骨髓微环境研究领域的用户，但源站未提供该数据集的具体适用场景说明或推荐用途。

【使用方法】

用户可以通过 NCBI BioProject 数据库，使用标识符 PRJNA1480788 访问该数据集的记录页面。在该页面上，用户可以找到指向该项目所产生的各类生物数据的链接。BioProject 的设计目的正是为用户提供单一入口，以便查找与单一研究计划相关的多种数据类型。源站未提供该数据集的具体使用步骤、访问权限、下载方式或所需工具等信息。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，该数据库由 NCBI 维护，通常具有一定的数据管理规范。然而，源站未提供该数据集的具体质量控制信息、数据完整性说明、版本更新记录或已知限制。由于 BioProject 记录本身主要作为数据链接的汇总入口，其数据质量可能取决于所链接的各个具体数据资源的质量。源站未提供该数据集在质量与限制方面的详细说明。

【引用与许可】

该数据集的源站为 NCBI BioProject，标识符为 PRJNA1480788。源站未提供该数据集的具体引用格式、许可协议、使用条款或版权信息。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 网站上的相关政策和该研究计划所链接的具体数据资源的许可要求。源站未提供该数据集在引用与许可方面的详细内容。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE336159

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1480788

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

不确定潜能的克隆性造血（CHIP）与全身性炎症及恶性风险增加相关，但其如何重塑骨髓（BM）微环境仍知之甚少。通过对新鲜分离骨髓进行单细胞转录组分析，我们确定纤维炎症性重塑是CHIP的早期标志。除了已确立的髓系偏向炎症状态外，CHIP骨髓还表现出跨越造血祖细胞、单核细胞和基质细胞的协同TNFα激活。基质细胞群体显示出早期纤维化重塑，间充质细胞和血管细胞上调胶原及细胞外基质基因程序。无论突变亚型如何，成纤维细胞均显著扩增，并获得癌症相关成纤维细胞（CAF）样转录状态。组织学分析证实CHIP骨髓中存在纤维化前基质重塑，代表一种早期且可能具有疾病定义意义的病理改变。

空间转录组学进一步揭示了由活跃成纤维细胞和CXCL12⁺成纤维细胞、巨噬细胞及淋巴样细胞填充的离散纤维富集区域，确立了成纤维细胞-免疫细胞串扰作为CHIP微环境的一个决定性结构特征。引人注目的是，这些区域以促炎通路的显著富集为特征，包括TGF-β和TNF信号传导，将其鉴定为BM微环境内空间局限的炎症枢纽。总之，这些发现确立了纤维炎症性BM重塑作为克隆扩增的一种保守早期后果，将CHIP与纤维化前基质改变、免疫失调以及可能促成向显性恶性肿瘤转变的微环境结构联系起来。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别