PRJNA1445079：三种犬成釉细胞瘤细胞系的建立及其基因组与转录组特征
建立犬棘层成釉细胞瘤（CAA）细胞系对临床前体外检测具有重大意义。本研究旨在开发、鉴定并表征三种CAA细胞系。细胞系采用标准细胞培养技术从自然发生CAA的犬中建立
基本信息
资源简介
PRJNA1445079：三种犬成釉细胞瘤细胞系的建立及其基因组与转录组特征
PRJNA1445079 数据集围绕犬棘层成釉细胞瘤（canine acanthomatous ameloblastoma，CAA）细胞系的建立与表征展开，收录了三种 CAA 细胞系在基因组与转录组层面的特征信息。该研究的核心目标是在体外建立、鉴定并系统表征可用于临床前研究的 CAA 细胞系，并将细胞系与其来源母瘤进行分子特征比较。数据集来源于 ebi.ac.uk，在分类上归入肿瘤领域的其他类别。整体而言，该数据集为研究犬棘层成釉细胞瘤的分子机制、验证候选治疗靶点以及开展体外药物测试提供了细胞模型与配套的组学数据基础。
【数据集背景】
犬棘层成釉细胞瘤是犬类口腔常见的肿瘤类型之一，建立稳定、可溯源的细胞系对于临床前体外检测具有重要价值。既往研究中，能够同时具备明确来源、身份鉴定和分子特征描述的 CAA 细胞系较为有限，这在一定程度上制约了体外实验的可重复性与结果解释。该数据集所对应的研究正是针对这一需求，采用标准细胞培养技术从自然发生 CAA 的犬中建立细胞系，并对所建立的细胞系进行身份认证、细胞来源确认以及基因组和转录组层面的表征，从而为后续研究提供经过验证的体外模型。
【数据内容】
数据集包含三种 CAA 细胞系的基因组与转录组特征数据。研究通过下一代 DNA 和 RNA 测序对细胞系的分子特征进行刻画，并将其与来源母瘤进行比较。结果显示，所有细胞系均保留了母瘤中存在的突变，包括一个 HRAS 错义突变，以及所有样本中均出现的 RTK-RAS 通路上调。此外，部分常见突变出现在 2/3 的细胞系及其对应母瘤中，涉及 ADGRA3、DNAH7、F10、KIAA1671、OGFR、SLC6A17、SNX7、SPTBN5、TENM4 和 YEATS2 等基因。上述内容构成了该数据集在分子层面的主要信息。
【采集与来源】
细胞系来源于自然发生 CAA 的犬，采用标准细胞培养技术建立。每条细胞系均通过经过验证的 PCR panel 鉴定为犬源；上皮细胞来源则通过 pan-CK 流式细胞术予以确认。随后对细胞系进行下一代 DNA 与 RNA 测序，以获取基因组和转录组特征，并与母瘤样本进行比对。数据集的来源站为 ebi.ac.uk。
【适用场景】
该数据集适用于犬棘层成釉细胞瘤相关的临床前体外研究，例如利用所建立的三种细胞系开展药物敏感性测试、候选治疗靶点验证以及肿瘤生物学机制探索。由于细胞系经过犬源身份鉴定和上皮来源确认，并具备基因组与转录组特征及其与母瘤的比较信息，也可用于研究 HRAS 错义突变、RTK-RAS 通路上调以及 ADGRA3、DNAH7、F10、KIAA1671、OGFR、SLC6A17、SNX7、SPTBN5、TENM4、YEATS2 等基因突变在 CAA 中的意义。具体实验设计、培养条件与数据使用方式，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
细胞系经过验证的 PCR panel 鉴定为犬源，并通过 pan-CK 流式细胞术确认上皮细胞来源；测序结果与母瘤比较后确认细胞系保留了母瘤中的 HRAS 错义突变及 RTK-RAS 通路上调等特征，表明细胞系在分子层面与来源肿瘤具有一致性。需要说明的是，部分突变仅出现在 2/3 的细胞系及其母瘤中，细胞系之间在突变谱上存在差异。关于数据规模、测序深度、样本量、传代稳定性及批间一致性等信息，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1445079
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
犬棘瘤性成釉细胞瘤（CAA）细胞系的建立对于临床前体外试验具有极其重要的意义。本研究旨在开发、鉴定并表征三株CAA细胞系。细胞系采用标准细胞培养技术从自然发生CAA的犬只中建立。每株细胞系均通过经验证的PCR panel鉴定为犬源。通过pan-CK流式细胞术确认了上皮细胞来源。下一代DNA和RNA测序表征了细胞系的特征，并将其与亲本肿瘤进行比较。我们确认所有细胞系均保留了亲本肿瘤中所见的突变，包括所有样本中的HRAS错义突变及RTK-RAS通路上调。其他常见突变（2/3细胞系及其亲本肿瘤）包括ADGRA3、DNAH7、F10、KIAA1671、OGFR、SLC6A17、SNX7、SPTBN5、TENM4和YEATS2。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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