基本信息

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创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

PRJNA1432021：脑转移瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的单细胞与空间测序分析 [Multiome]

PRJNA1432021 是一个来自 NCBI BioProject 的公开数据集，其完整英文名称为“Single cell and spatial sequencing analysis of cancer associated fibroblasts in the brain metastasis tumor microenvironment [Multiome]”。从名称可以看出，该数据集聚焦于脑转移瘤肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞，采用单细胞与空间测序相结合的分析策略，并以 Multiome 类型组织数据。该数据集在分类上归属于肿瘤领域下的“其他”类别，主题标签为“Other”。作为 BioProject 体系中的一项记录，它汇集了与这一研究计划相关的多种数据类型，为用户提供了统一的入口来查找和访问该项目所产生的数据资源。整体而言，该数据集服务于脑转移瘤微环境的基础研究，尤其是围绕癌症相关成纤维细胞的细胞异质性与空间分布特征展开探索。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1432021。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的生物学数据，这些计划通常由单一机构或联合体发起。BioProject 记录的核心价值在于，它为用户提供一个统一的入口，以便查找和链接该项目所产生的多种数据类型。本数据集的主题为脑转移瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的单细胞与空间测序分析，属于 Multiome 类型。脑转移瘤微环境是肿瘤研究中的重要方向，而癌症相关成纤维细胞作为微环境的关键组成成分，其功能状态与空间组织方式对理解肿瘤进展具有重要意义。该数据集正是围绕这一生物学问题而建立。

【数据内容】

该数据集属于 Multiome 类型，涉及单细胞测序与空间测序两种分析手段，研究对象为脑转移瘤肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞。源站未提供具体的样本数量、测序深度、基因数目、细胞数目或数据文件大小等细节。从数据集名称可以确认，其内容涵盖单细胞层面和空间层面的测序信息，但具体的数据组织形式、文件格式及数据量均未在已有信息中说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心。数据集以 BioProject 记录的形式发布，项目编号为 1432021。源站描述指出，BioProject 记录本身并不直接包含所有原始数据，而是提供指向该项目所生成的各种数据类型的链接。因此，该数据集的具体采集方法、实验设计、样本来源及测序平台等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于脑转移瘤肿瘤微环境相关的研究，尤其是关注癌症相关成纤维细胞的单细胞异质性、空间分布及其与微环境其他成分相互作用的分析。由于数据集同时包含单细胞与空间测序信息，可用于探索细胞类型组成、基因表达特征以及细胞在组织中的空间定位关系。此外，该数据集也可作为 Multiome 类型数据的参考资源，用于方法学比较或整合分析。但具体适用场景需结合源站提供的完整数据描述加以判断，源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录进行访问，用户可借助项目编号 1432021 在 NCBI 网站上查找相关数据链接。BioProject 记录的作用是汇集与该项目相关的多种数据类型，因此用户可通过该记录获取指向具体数据文件的入口。关于数据下载、预处理、分析流程及所需工具等具体使用方法，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开的生物学数据资源。源站未提供关于数据质量评估、覆盖度、重复性、批次效应或技术偏差等方面的具体信息。此外，由于源站描述仅对 BioProject 的性质进行了一般性说明，未涉及该数据集的具体质控指标或局限性，因此无法对数据质量与限制做出进一步判断。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议及使用条款，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录中可能附带的引用要求与许可说明。由于源站未提供具体信息，无法在此给出确切的引用格式或许可类型。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE322964

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1432021

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脑转移（BM）在很大程度上仍无法治愈。癌症相关成纤维细胞（CAF）在肿瘤微环境（TME）中既可支持也可抑制肿瘤生长，但其在BM中的作用仍鲜有描述。在此，我们报告了对人BM组织的单细胞和空间测序分析，并定义了四个转录上不同的CAF亚群。BM CAF亚群以细胞外基质（ECM）、免疫、收缩或神经特征为特点，并在BM TME内表现出不同的空间分布。进一步分析揭示，BM CAF广泛参与细胞间通讯，并呈现不同的细胞状态，包括一种以高表达含亮氨酸丰富重复序列的免疫球蛋白超家族（ISLR）为标志的ECM CAF细胞状态（ISLR-CAF）。在功能上，ISLR-CAF在体外降低BM肿瘤细胞活力，与肿瘤抑制作用一致。这些发现凸显了BM中CAF的异质性和可塑性，强调了在定义基质对疾病进展和治疗反应的贡献时精确性的重要性。

总体设计：在本研究中，我们对九份人类骨髓（BM）组织样本进行了单细胞多组学测序（scMultiome-seq；RNA和ATAC），以评估肿瘤微环境（TME）内的细胞异质性。其中七份样本来自肺至脑转移（LBM），两份来自乳腺至脑转移（BBM）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别