NAT10介导的ac4C RNA乙酰化稳定CXCL5/DEK mRNA驱动肺腺癌增殖和转移[RIP-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1395018

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）修饰的视角探究肺腺癌（LUAD）的表观遗传机制，可能为创新癌症治疗策略和靶点提供思路。我们采用生物信息学方法分析共享数据，重点研究N-乙酰转移酶10（NAT10），这是目前已知唯一的ac4C“写入”蛋白。我们的分析揭示，NAT10在LUAD中表达显著上调，这一发现在LUAD癌组织样本和细胞系的研究中均得到证实。随后，我们运用CRISPR/Cas9技术敲除NAT10基因，并使用acRIP-seq和RNA-seq技术分析敲除后的细胞。研究结果显示，基因CXCL5和DEK存在差异表达，功能富集分析表明它们与黏附信号通路密切相关。实验室实验揭示，NAT10作为ac4C“写入”蛋白，促进CXCL5和DEK的乙酰化，从而防止其mRNA降解。

此外，研究发现，将癌细胞注射到小鼠尾静脉后，NAT10显著影响转移灶数量和肿瘤生长。我们的研究数据表明，靶向NAT10有潜力作为诊断生物标志物或预后靶点，用于开发旨在破坏黏附过程的抗转移疗法。总体设计：在A549细胞中敲除NAT10基因，并对受影响的基因进行高通量测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。