PRJNA1329034：FFPE 组织中成像空间转录组平台的系统性基准测试 - Xenium 数据
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 PRJNA1329034 项目，聚焦于在 FFPE 组织中对成像空间转录组平台开展系统性基准测试，并包含 Xenium 平台产生的数据
基本信息
资源简介
PRJNA1329034：FFPE 组织中成像空间转录组平台的系统性基准测试 - Xenium 数据
PRJNA1329034 是 NCBI BioProject 收录的一个生物项目，其英文名称为“Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues - Xenium Data”。该项目聚焦于在 FFPE 组织中对成像空间转录组平台开展系统性基准测试，并包含 Xenium 平台产生的数据。从项目名称可以看出，其核心工作是对成像空间转录组技术进行系统性的性能评估与比较，而 Xenium 数据是其中的重要组成部分。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 其他，主题标签为 Other，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在将源自同一组织或联盟的、围绕单一研究计划产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找与访问。因此，该数据集为研究者了解 FFPE 组织背景下成像空间转录组平台的基准测试情况提供了一个入口。
【数据集背景】
该数据集对应 NCBI BioProject 数据库中的 PRJNA1329034 项目。BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一组织或联盟的生物数据集合，其记录为用户提供统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。本项目的研究主题是在 FFPE 组织中对成像空间转录组平台进行系统性基准测试，并特别涉及 Xenium 平台的数据。FFPE 组织是临床与病理研究中常见的样本保存形式，围绕其开展空间转录组平台的基准测试，有助于评估不同平台在该类样本上的表现。该数据集在分类上被归入肿瘤 / 其他，主题标签为 Other。
【数据内容】
该数据集包含 Xenium 平台产生的数据，属于在 FFPE 组织中对成像空间转录组平台开展系统性基准测试这一项目的一部分。项目名称明确指向 Xenium Data，表明 Xenium 数据是该 BioProject 所涵盖的数据类型之一。除 Xenium 数据外，该项目是否还包含其他平台或其他类型的数据，源站未提供。数据集的具体样本数量、组织类型、基因 panel、数据文件格式与规模等信息，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，收录于 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA1329034。项目英文名称显示其研究内容为在 FFPE 组织中对成像空间转录组平台进行系统性基准测试，并包含 Xenium 平台数据。关于样本采集的具体机构、采集时间、采集地点、伦理审批信息以及实验操作流程等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与成像空间转录组平台基准测试相关的研究场景，尤其是在 FFPE 组织样本背景下对 Xenium 平台数据进行分析、比较或方法评估的工作。由于该项目定位为系统性基准测试，其数据可用于了解 Xenium 平台在 FFPE 组织中的表现，并可能为平台选择、方法比较等提供参考。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库以项目编号 PRJNA1329034 进行检索与访问。BioProject 记录提供指向该项目所产生多种数据类型的链接，用户可借此定位相关数据。关于数据下载的具体步骤、所需工具、数据处理流程或分析建议，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录，其描述强调 BioProject 作为数据集合入口的作用。关于该数据集的数据质量指标、批次效应、覆盖度、技术偏差或使用限制等信息，源站未提供。用户在使用时需注意，项目名称所指向的基准测试范围与结论，应以源站及相关数据文件中的实际内容为准。
【引用与许可】
该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1329034
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
新兴的成像空间转录组学（iST）平台及配套分析方法能够恢复细胞间相互作用、空间共变基因群以及与病理特征相关的基因特征，因此特别适用于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织的应用。在此，我们对三个商业化iST平台——10X Xenium、Vizgen MERSCOPE和Nanostring CosMx——在包含17种肿瘤和16种正常组织类型的组织微阵列（TMA）连续切片上的性能进行了基准测试，以评估其相对技术性能和生物学性能。在匹配基因上，我们发现Xenium在不牺牲特异性的情况下始终产生更高的每基因转录本计数。Xenium和CosMx测量的RNA转录本与正交单细胞转录组学结果一致。所有三个平台均可进行空间分辨的细胞分型，且具有不同程度的亚聚类能力，其中Xenium和CosMx发现的聚类略多于MERSCOPE，尽管其假发现率和细胞分割错误频率各不相同。
综上所述，我们的分析提供了一个全面的基准，用以指导研究人员在这个快速发展的领域中，利用珍贵样本设计研究时选择iST方法。总体设计：在本研究中，我们在匹配的组织样本上比较了目前可用的兼容FFPE的iST平台。我们准备了一组代表典型存档FFPE组织的样本，包括33种不同的肿瘤和正常组织类型，并根据制造商在撰写时的最佳实践，从连续切片中获取了匹配数据，生成了一个超过500万个细胞的数据集。我们分析了每种方法在共享转录本上的相对敏感性和特异性，并进一步量化了每个平台的iST数据与通过10x Chromium Single Cell Gene Expression FLEX收集的配对scRNA-seq数据之间的一致性。随后，我们聚焦于细胞层面的比较，评估
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
