PRJNA1308486：失调的AKT信号重编程骨肉瘤以驱动对EP300的选择性依赖 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307827

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数据说明

癌细胞高度依赖转录调控来维持其恶性状态。EP300和CBP是同源旁系、普遍表达的主效表观遗传酶，其活性调控正常及恶性转录过程。本研究开展了覆盖全癌种的整合化化学-遗传学分析，发现大多数癌症谱系，包括骨肉瘤（OS）——一种高度致死的骨恶性肿瘤——对EP300的依赖性相对高于CBP。为利用仅靶向EP300的选择性药理学策略（该策略在未转化细胞中保留CBP，从而降低毒性），我们使用了EP300靶向降解剂JQAD1。一个以PIK3CA-AKT-mTOR通路失调为特征的特定骨肉瘤遗传亚群在遗传上依赖EP300，并对EP300降解具有独特敏感性。在不敏感的骨肉瘤细胞中表达组成性激活的AKT可诱导对JQAD1的敏感性，其驱动机制为EP300、CBP及H3K27ac在物理上重新定位至遗传亚型富集的依赖位点。在机制层面，AKT抑制剂与JQAD1联合使用可抑制AKT失调型骨肉瘤的生长。

这些观察结果在超过850种癌细胞系中得到验证，其中这些药物以机制上依赖于蛋白质合成控制的方式正向联合作用。最终，联合治疗在原位骨肉瘤异种移植模型中表现出协同效应。这些发现揭示了EP300降解剂在高风险骨肉瘤中功能的遗传和转录决定因素，并为以生物标志物为导向的EP300和AKT联合靶向研究提供了基础，旨在为蛋白质翻译增强的各类癌症带来治疗效益。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。