基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-11-05

资源简介

HGSOC患者输卵管、肿瘤与PBMC样本的全基因组测序与DigiPico数据

该数据集来源于NCBI，英文名称为PRJNA1284230: Whole-genome sequencing and DigiPico of fallopian tube, tumor, and PBMC samples from high-grade serous ovarian cancer (HGSOC) patients [WGS/DigiPico]，本站分类归入肿瘤/其他，主题标签为Other。数据集聚焦高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者，包含匹配的输卵管组织、肿瘤组织和外周血单核细胞（PBMC）样本的全基因组测序（WGS）与DigiPico数据。输卵管被认为可能是HGSOC的潜在起源部位，因此该数据集支持在匹配组织间开展基因组改变研究，涵盖胚系与体细胞变异、拷贝数改变（CNA）以及新抗原预测等分析方向，为探索HGSOC的基因组特征提供了多组织类型的测序资源。

【数据集背景】

高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）是卵巢癌中一种重要的亚型。输卵管（fallopian tube，FT）已被提出可能是HGSOC的潜在起源部位，这一假说推动了对匹配组织之间基因组改变的研究。该数据集正是在这一研究背景下产生，旨在通过多类型匹配样本的测序数据，支持对HGSOC发生发展相关基因组特征的深入探索。数据集来自NCBI，属于肿瘤/其他分类，主题标签为Other。

【数据内容】

该数据集包含全基因组测序（WGS）和DigiPico数据，样本类型包括外周血单核细胞（PBMC）、输卵管组织和肿瘤组织，均来自HGSOC患者，且为匹配样本。这些数据支持的分析内容包括：胚系和体细胞变异分析、拷贝数改变（CNA）分析以及新抗原预测。数据覆盖匹配的多种样本类型，使得研究者能够在同一患者体内比较不同组织间的基因组差异。该提交内容包含与本研究相关的WGS数据和DigiPico数据。

【采集与来源】

数据集来源于ncbi.nlm.nih.gov。样本采集自高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者，涉及外周血单核细胞（PBMC）、输卵管组织和肿瘤组织三类匹配样本。关于具体的采集时间、采集地点、样本量、患者数量、伦理审批信息以及具体的测序平台和建库方法等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于以下研究方向：高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的基因组学研究；输卵管作为HGSOC潜在起源部位的验证与探索；匹配样本间胚系与体细胞变异的比较分析；拷贝数改变（CNA）的识别与比较；新抗原预测及相关免疫治疗研究；以及基于WGS和DigiPico数据的多组织基因组特征分析。由于数据涵盖PBMC、输卵管和肿瘤三种匹配样本，适合开展同一患者体内不同组织类型的对照研究。

【使用方法】

该数据集可通过NCBI获取。关于具体的数据下载方式、文件格式、数据处理流程、推荐分析工具及参数设置等信息，源站未提供。研究者可根据自身研究需求，结合WGS和DigiPico数据的特性，开展胚系与体细胞变异检测、拷贝数改变分析和新抗原预测等分析工作。

【质量与限制】

关于该数据集的数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、样本纳入与排除标准、批次效应控制以及潜在局限性等信息，源站未提供。使用者应结合源站提供的原始描述和自身分析需求评估数据适用性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及数据共享政策等信息，源站未提供。使用者在利用该数据集时应遵循NCBI的相关数据使用规范，并查阅源站获取最新的引用与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301180

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1284230

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

输卵管（FT）已被提出可能是高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的潜在起源部位，这支持对配对组织中的基因组改变进行研究。该数据集包含来自配对样本的全基因组测序（WGS）和DigiPico数据，样本包括HGSOC患者的外周血单核细胞（PBMCs）、输卵管组织和肿瘤组织。这些数据支持对配对样本类型中的胚系和体细胞变异、拷贝数改变（CNAs）以及新抗原预测进行分析。本次提交包含与该研究相关的WGS数据和DigiPico数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别