PRJNA1261989：膀胱癌肿瘤-基质串扰及巨噬细胞富集与化疗反应相关
BioProject 记录用于汇集由单一机构或联盟发起的同一研究计划所产生的多种生物数据类型，并提供统一入口链接到该项目生成的不同数据
基本信息
资源简介
PRJNA1261989：膀胱癌肿瘤-基质串扰及巨噬细胞富集与化疗反应相关
PRJNA1261989 是一个与膀胱癌化疗反应研究相关的生物项目记录，其完整英文标题为“Tumor-stromal crosstalk and macrophage enrichment is associated with chemotherapy response in bladder cancer”。该记录由 NCBI BioProject 数据库收录，本站将其归入肿瘤/其他分类，主题标签为 Other。从标题所指向的研究方向看，该项目关注肿瘤与基质之间的相互作用以及巨噬细胞富集现象，并试图将其与膀胱癌的化疗反应建立关联。BioProject 作为生物数据项目的登记与汇集机制，为同一研究计划下产生的多种数据类型提供统一入口，使研究者能够从单一记录出发，定位到该项目所生成的不同类型数据。该记录本身是项目层级的元数据入口，而非直接的数据文件集合，因此其价值主要体现在对相关研究数据资源的组织与链接上。
【数据集背景】
该数据集对应的是一个由单一研究计划发起的 BioProject 记录，编号为 1261989，英文名称为“PRJNA1261989: Tumor-stromal crosstalk and macrophage enrichment is associated with chemotherapy response in bladder cancer”。从标题可以看出，该研究计划的核心议题是膀胱癌中肿瘤-基质串扰与巨噬细胞富集同化疗反应之间的关联。BioProject 的设立目的，是汇集来自单一机构或联盟的、围绕同一研究计划产生的多种生物数据，并为用户提供一个统一的位置来查找该项目所生成的不同数据类型。因此，该记录在整体上属于项目登记与导航性质的资源，其背景信息主要围绕膀胱癌化疗反应这一研究方向展开。
【数据内容】
源站对该 BioProject 的描述指出，BioProject 是一组与单一研究计划相关的生物数据的集合，这些数据源自单一机构或联盟；一条 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，用以查找为该计划生成的各种数据类型。就本记录而言，其标题明确指向膀胱癌、肿瘤-基质串扰、巨噬细胞富集以及化疗反应等主题。但关于该项目具体包含哪些数据类型、样本数量、测序平台、分析结果或文件格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该记录的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。源站描述说明，BioProject 记录来自单一机构或联盟所发起的研究计划，并提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接。关于本项目的具体采样方式、样本来源、采集时间、地理范围或机构信息，源站未提供。
【适用场景】
该记录适用于需要定位膀胱癌化疗反应相关研究数据资源的场景。由于 BioProject 提供统一入口来链接同一研究计划下的多种数据类型，研究者可以通过该记录查找与肿瘤-基质串扰、巨噬细胞富集及化疗反应相关的数据。该记录也可用于了解该研究计划的登记信息与数据组织方式。关于更具体的适用分析场景或推荐用途，源站未提供。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号为 1261989 的记录，并借助该记录提供的统一入口，查找由该研究计划生成的不同数据类型。BioProject 的设计目的即在于让用户从单一位置发现与同一项目相关的多种数据资源。关于该记录的具体访问链接、下载方式、数据格式或配套工具，源站未提供。
【质量与限制】
该记录为 BioProject 项目层级记录，其描述强调统一入口与数据汇集功能。关于该项目的质量控制标准、数据完整性、样本量、潜在偏倚或技术限制等信息，源站未提供。使用者应注意，BioProject 记录本身并不等同于完整的数据集文件，具体数据质量需依据其链接到的各数据类型进一步判断，但源站未就本项目给出相关说明。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1261989
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集提供了经体外标准化疗处理的膀胱癌组织的空间转录组图谱。取自8名膀胱癌患者的肿瘤标本被切除后，分别用吉西他滨和顺铂（GemCis）或培养基对照（MSC）处理48小时，随后进行福尔马林固定和石蜡包埋。使用NanoString GeoMx数字空间分析仪全转录组图谱（WTA）进行空间基因表达谱分析，捕获了超过18,000个转录本的表达。通过细胞角蛋白（CK）染色识别肿瘤区域，并与相邻的基质（CK阴性）一起分析。化疗处理导致了显著的转录组改变，包括与物质摄取（如内吞作用）和代谢（如糖酵解）相关的通路下调，以及细胞死亡通路上调。使用xCell进行的细胞解卷积显示，在化疗耐药样本中基质M2巨噬细胞富集，提示微环境对耐药性的贡献。
总体设计：获取8名膀胱癌患者的新鲜肿瘤组织，并分为两种处理条件：吉西他滨/顺铂（GemCis）治疗或培养基对照（MSC），在离体条件下孵育48小时。处理后，组织经福尔马林固定、石蜡包埋，并使用NanoString GeoMx DSP全转录组图谱（WTA）检测进行分析。根据免疫组化细胞角蛋白（CK）染色选择感兴趣区域（ROIs），以区分肿瘤细胞（CK阳性）与间质（CK阴性）。每种条件和区域收集两个技术重复。应用标准GeoMx WTA工作流程，下游分析包括差异表达、通路分析、用于治疗反应分类的caspase-3免疫组化，以及基于xCell的解卷积以分析免疫细胞群体。所得数据提供了对化疗反应的转录组变化的空间分辨率，并有助于深入了解
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
