人U-87星形细胞瘤细胞与正常人星形胶质细胞RISC的mRNA和microRNA表达谱
在培养的原代人星形胶质细胞（ScienCell）和培养的人U-87 MG星形细胞瘤细胞（ATCC）中，检测了整体细胞组分和RNA诱导沉默复合体（RISC）免疫沉淀细胞组分中的mRNA和microRNA表达
基本信息
资源简介
人U-87星形细胞瘤细胞与正常人星形胶质细胞RISC的mRNA和microRNA表达谱
该数据集聚焦于人类星形胶质细胞与星形细胞瘤细胞中RNA诱导沉默复合体（RISC）相关的mRNA和microRNA表达谱。研究以培养的原代人星形胶质细胞（ScienCell）和培养的人U-87 MG星形细胞瘤细胞（ATCC）为对象，分别检测整体细胞组分以及经RISC免疫沉淀的细胞组分中的mRNA与microRNA表达情况。数据集英文名称为“PRJNA125971: The mRNA and microRNA expression profile of the RNA-induced silencing complex in human U-87 astrocytoma cells and primary human astrocytes”，在来源站中归类于肿瘤/其他方向，原始数据来源于ebi.ac.uk。该数据集为研究RISC在正常星形胶质细胞与星形细胞瘤细胞中的RNA调控差异提供了表达谱层面的资源。
【数据集背景】
GW/P bodies是富含核糖核蛋白的细胞质聚集区域，参与microRNA（miRNA）介导的信使RNA（mRNA）沉默与降解过程。在这些聚集区域内，mRNA的调控功能由GW182及其结合伙伴hAgo2介导，当hAgo2与miRNA结合并处于RNA诱导沉默复合体（RISC）中时发挥调控作用。尽管已知miRNA和mRNA可定位于多种细胞类型的RISC中，但在此前尚无已发表研究对靶向至RISC的特定miRNA和mRNA谱进行全面分析。该数据集正是在这一背景下，针对培养的原代人星形胶质细胞和培养的人U-87 MG星形细胞瘤细胞，开展RISC相关mRNA与miRNA表达谱的检测。
【数据内容】
该数据集包含的检测内容为mRNA和microRNA表达谱。检测对象包括两类细胞：培养的原代人星形胶质细胞（来源为ScienCell）和培养的人U-87 MG星形细胞瘤细胞（来源为ATCC）。检测的细胞组分分为两种：整体细胞组分和经RNA诱导沉默复合体（RISC）免疫沉淀的细胞组分。因此，数据内容覆盖了在整体细胞背景和RISC富集背景下，上述两种细胞中mRNA与miRNA的表达情况。源站描述中提及“RISC mRNA and miRNA components were profiled by microarray analysis”，表明表达谱分析采用了微阵列方法。除上述信息外，源站未提供关于数据具体样本数量、重复次数、具体miRNA或mRNA列表、表达值矩阵等更详细的内容。
【采集与来源】
数据来源于ebi.ac.uk。细胞材料方面，原代人星形胶质细胞购自ScienCell，人U-87 MG星形细胞瘤细胞购自ATCC，均为培养细胞。实验采集了整体细胞组分和RISC免疫沉淀细胞组分，并针对这些组分进行mRNA和microRNA表达检测。源站描述中提及使用微阵列分析对RISC的mRNA和miRNA组分进行谱型分析。关于具体的免疫沉淀操作流程、微阵列平台、RNA提取方法、测序或杂交细节、数据采集时间、实验地点等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于比较正常原代人星形胶质细胞与人U-87 MG星形细胞瘤细胞之间，在整体细胞水平和RISC复合体水平上mRNA与miRNA表达谱的差异。适用于研究RISC介导的miRNA调控机制、GW/P bodies相关功能、星形细胞瘤中RNA沉默通路的变化等方向。由于同时涵盖整体细胞组分和RISC免疫沉淀组分，该数据可用于探索哪些mRNA和miRNA倾向于定位于RISC，以及这种定位在肿瘤细胞与正常细胞之间是否存在差异。此外，也可作为肿瘤分子生物学、神经胶质细胞生物学以及非编码RNA调控研究领域的参考数据资源。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。用户可根据来源站ebi.ac.uk的公开访问规则获取数据，并结合自身研究目的进行表达谱差异分析、RISC靶标预测或与其它星形胶质细胞/星形细胞瘤数据集的整合分析。具体的数据格式、处理流程、分析工具建议等，源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、技术重复、生物学重复、批次效应、数据完整性或验证实验的信息。该数据集基于培养细胞系和原代培养细胞，可能无法完全反映体内真实情况。此外，由于源站描述仅提及微阵列分析，未提供平台版本、探针注释、归一化方法等细节，使用者在解释结果时需注意这些限制。所有关于质量与限制的具体判断均需依据源站未提供的元数据，因此无法进一步说明。
【引用与许可】
源站未提供引用格式与许可条款信息。用户在使用该数据集时，应访问ebi.ac.uk来源页面获取相应的引用要求和许可说明。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA125971
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在培养的原代人星形胶质细胞（ScienCell）和培养的人U-87 MG星形细胞瘤细胞（ATCC）中，对整体细胞组分及RNA诱导沉默复合体（RISC）免疫沉淀的细胞组分中的mRNA和microRNA表达进行了检测。摘要：背景：GW/P小体是富含核糖核蛋白的细胞质焦点，参与microRNA（miRNA）介导的信使RNA（mRNA）沉默与降解。GW/P小体内这些mRNA调控功能是由GW182及其结合伙伴hAgo2在RNA诱导沉默复合体（RISC）中与miRNA结合时介导的。尽管已知多种细胞中miRNA和mRNA定位于RISC，但迄今为止，尚无公开发表的研究探讨特定miRNA和mRNA靶向RISC的概况。方法与主要发现：本研究通过微阵列分析，对来自RISC及整体细胞组分的总RNA进行提取，分析了人U-87星形细胞瘤细胞和原代人星形胶质细胞中RISC的mRNA和miRNA组分。
本研究的新发现包括四个方面：(1) 与U-87星形细胞瘤RISC相比，miRNA在原发性星形细胞RISC中高度富集；(2) 与各自的细胞miRNA谱相比，星形细胞瘤细胞和原发性星形细胞各自含有独特的RISC miRNA谱；(3) 与原发性星形细胞RISC相比，U-87星形细胞瘤RISC中miR-195、10b、29b、19b、34a和455-3p表达上调，而miR-181b表达下调；(4) 原发性星形细胞和U-87星形细胞瘤细胞的RISC中主要含有下调的mRNA。结论/意义：我们发现在U-87星形细胞瘤细胞中，miR-34a和miR-195在RISC中表达上调，提示这些miRNA具有致癌作用。三个miR-34a靶向的mRNA和两个miR-195靶向的mRNA表达下调。一个miR-195靶向的mRNA表达上调。对RISC mRNA组分的生物学通路分析表明，RISC在癌症、炎症性疾病、免疫性疾病
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
