神经母细胞瘤类器官 scRNAseq 数据集
该数据集为神经母细胞瘤肿瘤类器官的单细胞 RNA 测序数据，来源于 NCBI BioProject，编号 PRJEB109955
基本信息
资源简介
神经母细胞瘤类器官 scRNAseq 数据集
该数据集为神经母细胞瘤肿瘤类器官的单细胞 RNA 测序数据，英文名称为 PRJEB109955: scRNAseq dataset from neuroblastomas tumoroids，来源于 NCBI BioProject，项目编号为 PRJEB109955。其源站标题为“scRNAseq dataset from neuroblastomas tumoroids (ID 1491731) - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集在本站被归类为“肿瘤 / 其他”，主题标签为“Other”。从整体上看，该数据集围绕神经母细胞瘤肿瘤类器官开展单细胞转录组测序，属于肿瘤研究领域中与单细胞测序相关的数据资源，可用于了解该 BioProject 所关联的生物学数据集合及其数据组织方式。
【数据集背景】
神经母细胞瘤是肿瘤研究中的一类重要对象，而肿瘤类器官作为一种体外模型，能够在较接近肿瘤组织特性的条件下用于研究。该数据集以神经母细胞瘤肿瘤类器官为对象，通过单细胞 RNA 测序获取转录组层面的信息。其记录归属于 NCBI BioProject，BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的一组生物学数据的集合。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的编号为 PRJEB109955，源站记录 ID 为 1491731。
【数据内容】
该数据集的核心内容为神经母细胞瘤肿瘤类器官的单细胞 RNA 测序数据。单细胞 RNA 测序通常用于在单个细胞层面观察基因表达情况，因此该数据集在类型上属于单细胞转录组数据。源站标题明确指向“scRNAseq dataset from neuroblastomas tumoroids”，说明其数据主题与神经母细胞瘤肿瘤类器官相关。除上述信息外，关于样本数量、细胞数量、测序平台、读长、基因覆盖度、数据文件格式及数据量等具体内容，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其 BioProject 编号为 PRJEB109955，源站记录 ID 为 1491731。BioProject 作为生物学数据的集合记录，通常用于汇集与某一研究计划相关的多种数据类型，并提供统一查找入口。该数据集在本站被归入“肿瘤 / 其他”分类，主题标签为“Other”。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、研究者或机构名称等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与神经母细胞瘤肿瘤类器官相关的单细胞 RNA 测序研究场景。由于其为单细胞转录组数据，潜在用途包括在单细胞层面分析神经母细胞瘤肿瘤类器官中的基因表达特征，或作为相关肿瘤研究的参考数据资源。该数据集也可用于了解 NCBI BioProject 中围绕神经母细胞瘤肿瘤类器官所组织的数据类型与链接方式。关于具体分析流程、适用疾病亚型、是否可用于临床诊断或药物筛选等，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 获取，项目编号为 PRJEB109955，源站记录 ID 为 1491731。用户可在 NCBI BioProject 记录中查找该项目所关联的多种数据类型。关于数据下载方式、文件格式、是否需要专门工具、是否提供原始数据或处理后数据、是否有配套分析代码等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，其记录形式为 BioProject 集合记录。关于数据质量指标、测序深度、细胞存活率、批次效应、数据完整性、样本量大小及潜在偏差等，源站未提供。该数据集在本站分类为“肿瘤 / 其他”，主题标签为“Other”，未提供更细粒度的质量评价信息。使用时应结合源站记录及原始项目说明进行判断。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 PRJEB109955，源站记录 ID 为 1491731。关于引用方式、许可协议、使用限制、是否允许商业用途及是否需要联系数据提交者等，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB109955
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
神经母细胞瘤（NB）是一种起源于交感神经元分化受阻的儿童癌症，表现出显著的异质性和有限的治疗选择。为更好地理解其分子回路动力学，我们将CARDAMOM——一种新型基因调控网络（GRN）推断框架——应用于患者来源肿瘤类器官的单细胞RNA测序数据。该方法通过分段确定性马尔可夫过程对基因调控进行建模，捕捉转录爆发和蛋白质介导的反馈，克服了RNA速率（RNA velocity）的局限性（例如基因独立性和缺乏生物学时间）。我们识别出一条连续的嗜铬细胞向交感神经母细胞分化的轨迹，并通过RNA速率和scFates进行了验证。利用速率伪时间，我们筛选出85个动态相关基因，这些基因富集于细胞周期和DNA复制功能。值得注意的是，其中9个基因与驱动正常交感肾上腺分化的基因重叠，凸显了肿瘤与正常组织的相似性。推断出的85基因网络在计算机模拟中很好地再现了实验基因表达模式，并能够预测蛋白质水平的动力学。
此外，该方法还允许评估枢纽基因（如TCF4和PLK1）的计算机模拟扰动（包括敲除和过表达）效应。我们发现，这些扰动显著改变了细胞命运比例，其中TCF4敲除增加了嗜铬样细胞并减少了增殖性晚期交感神经母细胞——提示了一种促进分化的治疗策略。因此，我们的工作表明，NB肿瘤类器官保留了动态的、类分化结构，适合进行GRN建模。预测的可成药靶点（如PLK1、TCF4）提供了可测试的治疗途径，包括重新利用BET抑制剂（JQ1）或PLK1抑制剂（BI2536），可能联合使用。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
