基本信息

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基因组

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分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

幽门螺杆菌根除未能完全恢复胃微生物组结构：健康受试者研究

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 PRJDB45796，英文标题为“Helicobacter pylori Eradication Fails to Fully Restore Gastric Microbiome Structure Comparable to That of Uninfected Individuals: A Study in Healthy Subjects”，中文可理解为一项在健康受试者中开展的关于幽门螺杆菌根除后胃微生物组结构恢复情况的研究。其核心结论指向：幽门螺杆菌根除未能使胃微生物组结构完全恢复到与未感染个体相当的状态。数据集在源站被归类为宏基因组（metagenome，ID 1536103），本站分类归入“肿瘤 / 其他”，主题标签为“Targeted Locus (Loci)”。整体上，它属于依托 NCBI BioProject 平台组织并公开的生物学研究项目数据入口。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 PRJDB45796。BioProject 是围绕某一项研究计划或计划集合而建立的生物数据组织单元，通常源自单一机构或联合体。其作用是为用户提供一个统一入口，以便查找同一项目下产生的多种数据类型。本数据集所对应的项目聚焦于幽门螺杆菌根除与胃微生物组结构之间的关系，研究对象为健康受试者，研究问题在于根除治疗后胃微生物组能否恢复到未感染个体的状态。源站标题显示为“metagenome (ID 1536103) - BioProject - NCBI”，表明该项目在 NCBI 上以宏基因组相关数据形式呈现。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Targeted Locus (Loci)”，说明其数据内容与特定基因位点或位点集合的靶向检测相关。源站将其标识为宏基因组（metagenome，ID 1536103），表明项目包含宏基因组层面的数据组织。就具体样本数量、测序平台、序列条数、物种组成表、统计检验结果等细节，源站未提供。本站分类为“肿瘤 / 其他”，但该分类与数据集具体内容之间的直接关联，源站未提供进一步说明。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目编号 PRJDB45796 表明其注册于该 BioProject 体系之下。源站描述指出，BioProject 记录用于汇集与单一研究计划相关的多种数据类型，并来自单一组织或联合体。关于样本采集地点、受试者招募方式、伦理审批信息、样本处理流程、测序机构等具体采集信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于了解幽门螺杆菌根除后胃微生物组结构变化的研究背景，适合作为宏基因组与靶向位点相关研究的检索入口。由于主题涉及根除治疗与微生物组恢复，可能适用于微生物组研究、胃部微生态研究以及相关临床研究的背景调研。关于该数据集是否适用于肿瘤相关分析、是否可用于临床诊断或治疗决策，源站未提供明确说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 平台，以编号 PRJDB45796 或标题中的关键词进行检索，进而访问该项目所关联的数据类型。BioProject 记录本身提供统一入口，便于链接到项目产生的不同数据。关于具体下载方式、数据格式、分析流程、软件参数等操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集依托 NCBI BioProject 平台发布，其组织方式遵循 BioProject 的记录规范。源站描述强调 BioProject 是相关生物数据的集合入口，但未提供关于数据完整性、准确性、覆盖度或质控指标的具体信息。由于源站未提供样本量、测序深度、统计方法等细节，无法对数据质量作进一步判断。该数据集标题中的结论基于健康受试者研究，其外推范围可能受研究设计限制，但源站未提供具体限制说明。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可条款、使用限制以及是否允许商业用途等信息，源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 页面及相关数据记录中可能附带的说明。由于源站未提供具体许可信息，无法确认其开放程度与再分发条件。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJDB45796

访问原始数据

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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB45796

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们采用16S rRNA基因测序技术，对三个无癌人群队列的胃体活检样本进行了胃黏膜微生物群落组成的特征分析：未感染幽门螺杆菌（Hp阴性，n=23）、活动性幽门螺杆菌感染（Hp阳性，n=44）以及成功根除幽门螺杆菌（Hp已根除，n=58）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别