基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

类风湿关节炎肠道真菌ITS扩增子测序

PRJNA1499277 是一个聚焦于类风湿关节炎背景下肠道真菌群落研究的生物项目，其英文名称为“gut fungal ITS amplicon sequencing in rheumatoid arthritis”。该项目通过 ITS 扩增子测序技术获取肠道真菌的序列信息，属于肌肉骨骼系统疾病领域的相关数据资源，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从整体定位看，该数据集围绕类风湿关节炎这一疾病场景，提供肠道真菌群落的 ITS 扩增子序列，可用于探索真菌群落组成与类风湿关节炎之间可能存在的关联，并支持微生物组分类分析、标志物筛选以及疾病相关微生态研究。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在将同一项研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。

【数据集背景】

该数据集对应的源站标题为“gut fungal ITS amplicon sequencing in rheumatoid a... (ID 1499277) - BioProject - NCBI”，其记录编号为 1499277，属于 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 被描述为与单一研究计划相关的生物数据集合，这些数据源自单一组织或联盟。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型。本站将该数据集归类为肌肉骨骼系统疾病 / 其他，主题标签为 Targeted Locus (Loci)。这些信息共同表明，该数据集是一项针对特定疾病背景下特定遗传位点进行靶向测序的研究项目记录。

【数据内容】

该数据集的核心内容是肠道真菌的 ITS 扩增子测序数据，研究背景为类风湿关节炎。ITS 扩增子测序通常用于真菌群落的分类学分析，因此该数据聚焦于肠道真菌群落的 ITS 扩增子序列。主题标签“Targeted Locus (Loci)”进一步说明其数据属于靶向特定基因位点的测序类型。基于这些序列，可用于研究真菌群落组成与类风湿关节炎之间的关联，并支持微生物组分类分析、标志物筛选及疾病相关微生态研究。关于具体的样本数量、序列条数、测序平台、真菌种类丰度等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 1499277。源站描述指出，BioProject 记录来自单一组织或联盟，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。该数据集所属的源站标题明确指向“gut fungal ITS amplicon sequencing in rheumatoid arthritis”。关于样本采集地点、采集时间、受试者人群特征、伦理审批信息等具体采集细节，源站未提供。

【适用场景】

根据侧写线索，该数据集可用于研究真菌群落组成与类风湿关节炎之间的关联，支持微生物组分类分析、标志物筛选及疾病相关微生态研究。具体而言，研究人员可利用该 ITS 扩增子序列数据进行真菌群落的分类学组成分析，比较类风湿关节炎相关样本中的真菌群落特征，探索潜在的微生物标志物，并开展疾病相关微生态的关联研究。该数据集属于肌肉骨骼系统疾病 / 其他分类，因此适用于与类风湿关节炎及肠道真菌微生态相关的基础或转化研究场景。关于其他具体应用场景，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录形式提供，用户可通过 NCBI 的 BioProject 体系查找与该研究计划相关的多种数据类型。BioProject 记录为用户提供单一入口，便于集中访问该项目产生的数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具建议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物项目记录。关于数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、污染控制、批次效应等具体质量信息，源站未提供。关于该数据集在样本量、人群代表性、疾病分期等方面的限制，源站未提供。用户在使用时应结合源站记录自行评估数据适用性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议或使用条款，源站未提供。用户如需引用或使用该数据集，应参考 NCBI BioProject 记录页面中的相关说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1499277

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1499277

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究类风湿关节炎患者与健康对照者的肠道真菌微生物组。采用ITS扩增子测序对粪便DNA样本进行分析，以表征肠道真菌群落组成。该数据集的生成旨在支持分析肠道真菌群落特征与类风湿关节炎相关临床及免疫表型（包括自身抗体状态和疾病活动度）之间的关联。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别