实验性结肠炎诱导结直肠癌小鼠模型的16S rRNA扩增子测序
本研究采用16S rRNA扩增子测序，以表征腔相关菌群（LAM）和黏膜相关菌群（MAM）的图谱。本研究纳入25只小鼠，在给予牙周致病菌后采集LAM样本和MAM样本
基本信息
资源简介
实验性结肠炎诱导结直肠癌小鼠模型的16S rRNA扩增子测序
PRJDB17960 是一项围绕实验性结肠炎诱导结直肠癌（CRC）小鼠模型开展的 16S rRNA 扩增子测序数据集，旨在刻画腔相关菌群（Lumen-associated microbiota，LAM）与黏膜相关菌群（Mucosa-associated microbiota，MAM）的组成图谱。研究共纳入 25 只小鼠，在给予牙周致病菌之后分别采集 LAM 样本与 MAM 样本，通过 16S rRNA 扩增子测序获得菌群轮廓信息。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 其他方向，来源站为 ebi.ac.uk，可为结直肠癌相关肠道菌群研究提供可复用的测序资源。
【数据集背景】
结直肠癌的发生发展常与肠道微生物群落的改变相关联，而实验性结肠炎诱导的 CRC 小鼠模型是研究炎症相关肿瘤发生机制的重要实验体系。在该类模型中，细菌群落既存在于肠腔内容物中，也附着于肠黏膜表面，二者共同构成对宿主产生影响的不同生态位。本研究正是基于这一背景，采用 16S rRNA 扩增子测序手段，对上述两个生态位的菌群分别进行表征，以获取实验性结肠炎诱导 CRC 小鼠模型中 LAM 与 MAM 的群落图谱。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 16S rRNA 扩增子测序数据，测序对象为实验性结肠炎诱导结直肠癌小鼠模型的菌群样本，具体包括腔相关菌群（LAM）样本与黏膜相关菌群（MAM）样本两类。研究通过扩增子测序刻画这两类样本的菌群组成轮廓。数据集英文名称为“PRJDB17960: 16S rRNA amplicon sequencing of experimental colitis-induced colorectal cancer (CRC) mice model”，在分类体系中归入肿瘤 / 其他类别。关于数据的具体样本量分布、测序区域、读长、文件格式与数据规模等信息，源站未提供。
【采集与来源】
样本来自 25 只纳入本研究的小鼠。研究在给予牙周致病菌之后，分别采集 LAM 样本和 MAM 样本，用于后续的 16S rRNA 扩增子测序。数据集来源站为 ebi.ac.uk。关于小鼠的具体品系、饲养条件、牙周致病菌的种类与给药方式、采样时间点、样本保存与运输条件等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与实验性结肠炎诱导结直肠癌相关的肠道菌群研究，尤其是需要区分腔相关菌群与黏膜相关菌群两个生态位的研究场景。研究者可将其用于比较 LAM 与 MAM 的群落轮廓，也可作为结直肠癌小鼠模型中菌群特征分析的参考数据。此外，对于关注牙周致病菌给予后菌群变化的研究，该数据集亦具有潜在参考价值。关于该数据集在其他具体研究方向上的适用性，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 16S rRNA 扩增子测序数据的形式提供，使用者可按照扩增子序列分析的一般流程对序列数据进行处理与群落组成分析，并分别针对 LAM 与 MAM 样本开展比较。关于数据的具体下载方式、文件组织结构和推荐的分析流程，源站未提供。
【质量与限制】
该研究纳入 25 只小鼠，样本来源于实验性结肠炎诱导 CRC 模型，并在给予牙周致病菌后采集 LAM 与 MAM 样本。关于测序深度、数据质控指标、批次效应、样本排除情况以及数据完整性等质量相关信息，源站未提供。使用时应结合研究设计本身的特点对结果进行解释。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与使用许可信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB17960
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究采用16S rRNA扩增子测序技术，以表征管腔相关微生物群（LAM）和黏膜相关微生物群（MAM）的组成特征。本研究共纳入25只小鼠，在给予牙周致病菌后收集了LAM样本和MAM样本。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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