CellNeighborEX v2 的 ccisignal 预计算输出
该数据集提供 CellNeighborEX v2 流程中 ccisignal 模块的预计算输出，包含 sc_ccisignal.h5ad 与 sp_ccisignal.h5ad 两个文件，分别对应带细胞类型特异性表达的 scRNA-seq 参考和带每个 spot 与基因期望表达的 Visium 数据
基本信息
资源简介
CellNeighborEX v2 的 ccisignal 预计算输出
Precomputed ccisignal outputs for CellNeighborEX v2
该数据集提供 CellNeighborEX v2 流程中 ccisignal 模块的预计算输出，包含 sc_ccisignal.h5ad 与 sp_ccisignal.h5ad 两个文件，分别对应带细胞类型特异性表达的 scRNA-seq 参考和带每个 spot 与基因期望表达的 Visium 数据。覆盖模拟数据、小鼠脑组织、小鼠肝癌、人卵巢癌、人结直肠癌及小鼠淋巴结感染模型等数据集，可用于重现论文中的下游分析（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2026-03-12。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：该数据集提供 CellNeighborEX v2 流程中 ccisignal 模块的预计算输出。它包含两个文件：- [ccisignal_output] sc_ccisignal.h5ad：带有细胞类型特异性表达的 scRNA-seq 参考 - [ccisignal_output] sp_ccisignal.h5ad：带有每个 spot 和基因期望表达的 Visium 数据。所提供的输出覆盖了手稿中使用的数据集：- simulation：合成空间转录组数据集 - hippocampus：小鼠脑组织（来源于 Slide-seq）- liver cancer：小鼠肝脏肿瘤组织（来源于 Slide-seq）- ovarian cancer：人卵巢肿瘤组织 - colorectal cancer：人结直肠肿瘤组织 - lymph node：小鼠淋巴结（感染模型；MS：感染，PBS：对照）。由于大小限制，这些文件托管在此处，旨在支持手稿中描述的下游分析的可重复性。用户可以 s
【数据结构与技术规格】
文件数 6 个，合计 16.98 GB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.30259902.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Bioinformatic methods development。主题标签：spatial transcriptomics (ST)、visium data、cell-cell interactions。本站分类：肿瘤/其他。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Bioinformatic methods development。
【获取与许可】
源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/Precomputed_ccisignal_outputs_for_CellNeighborEX_v2/30259902
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Kim, Hyobin (2026). Precomputed ccisignal outputs for CellNeighborEX v2. figshare. Dataset
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源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.30259902.v1
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 16.98 GB。
数据说明
该数据集提供了 CellNeighborEX v2 流程中 ccisignal 模块的预计算结果。它包含两个文件：[ccisignal_output] sc_ccisignal.h5ad：具有细胞类型特异性表达的 scRNA-seq 参考数据 [ccisignal_output] sp_ccisignal.h5ad：具有每个 spot 和基因预期表达的 Visium 数据所提供的输出涵盖手稿中使用的数据集：simulation：合成空间转录组数据集 hippocampus：小鼠脑组织（来源于 Slide-seq） liver cancer：小鼠肝脏肿瘤组织（来源于 Slide-seq） ovarian cancer：人卵巢肿瘤组织 colorectal cancer：人结直肠肿瘤组织 lymph node：小鼠淋巴结（感染模型；MS：感染，PBS：对照）由于大小限制，这些文件托管在此处，旨在使手稿中描述的下游分析具有可重复性。用户可以在 run_cnex2.sh 中设置 START_FROM=6，以运行 ccigenes 和 ccipairs 模块，而无需重新运行 ccisignal。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
