Barrett食管与食管腺癌遗传易感性研究(BEAGESS)

该数据集为dbGaP收录的Barrett食管与食管腺癌遗传易感性研究(BEAGESS),采用病例对照与队列设计,属于肿瘤领域

dbgap
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基因组分类Case-Control, Cohort
phs000869: Barrett's and Esophageal Adenocarcinoma Genetic Susceptibility Study (BEAGESS)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

Barrett食管与食管腺癌遗传易感性研究(BEAGESS)

phs000869 是一个收录于 dbGaP 的肿瘤遗传学研究数据集,英文全称为 Barrett's and Esophageal Adenocarcinoma Genetic Susceptibility Study,简称 BEAGESS。该数据集围绕 Barrett 食管与食管腺癌的遗传易感性展开,研究设计同时包含病例对照与队列两种类型,在分类上归属于肿瘤领域的其他类别,来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。从整体定位来看,它属于以遗传易感性为核心关注点的肿瘤研究资源,可用于探索食管相关病变与肿瘤之间的遗传关联。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面作进一步说明。

【数据集背景】

该数据集对应的研究聚焦于 Barrett 食管与食管腺癌的遗传易感性。Barrett 食管通常被视为食管腺癌的重要相关病变,而食管腺癌属于肿瘤领域中的一类恶性肿瘤。BEAGESS 这一名称本身即体现了研究的两大对象:Barrett 食管与食管腺癌,以及贯穿其中的遗传易感性主题。数据集被归类于肿瘤 / 其他,说明其在站点分类体系中属于肿瘤相关资源,但未进一步细分至更具体的肿瘤子类。研究采用病例对照与队列两种设计,意味着其数据组织方式兼顾了病例与对照的比较,以及随时间推移对队列人群的观察。该数据集收录于 dbGaP,dbGaP 是 NCBI 维护的基因型与表型数据库,通常用于存储与共享遗传学关联研究的数据。源站将其描述为 dbGaP study,并标注为 Case-Control, Cohort,主题标签同样为 Case-Control, Cohort。

【数据内容】

该数据集的具体数据内容,源站未提供。根据其作为 dbGaP 收录的遗传易感性研究这一属性,可以理解其可能涉及与 Barrett 食管和食管腺癌相关的遗传与表型信息,但关于样本量、变异位点、表型字段、随访时长等具体内容,源站未提供。数据集的分类为肿瘤 / 其他,主题标签为病例对照与队列,这些标签反映了研究设计层面的特征,而非具体数据字段的说明。由于源站未提供更细的数据内容描述,无法进一步说明其包含哪些具体的遗传标记、临床变量或流行病学指标。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 dbGaP 收录的研究。源站描述其为 dbGaP study,设计类型为 Case-Control, Cohort。关于数据采集的具体地点、时间范围、纳入排除标准、样本采集流程、伦理审批信息等,源站未提供。可以确定的是,该数据集通过 dbGaP 平台进行收录与分发,dbGaP 作为 NCBI 的资源,通常承担遗传学研究数据的归档与受控访问职能。数据集的英文名称明确指向 BEAGESS 研究,即 Barrett's and Esophageal Adenocarcinoma Genetic Susceptibility Study。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤遗传易感性相关的研究场景,尤其是围绕 Barrett 食管与食管腺癌的遗传关联分析。由于其设计包含病例对照与队列两种类型,可用于比较病例与对照之间的遗传差异,也可用于队列随访视角下的风险关联探索。在肿瘤 / 其他的分类下,它可服务于食管相关肿瘤的遗传流行病学研究、候选基因或全基因组关联研究的二次分析,以及与其他 dbGaP 研究进行跨数据集比较等场景。主题标签 Case-Control, Cohort 提示该资源适合同时从病例对照和队列两个维度进行方法学上的利用。具体适用场景的细节,源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 dbGaP 平台提供,通常涉及受控访问申请流程。关于具体的使用方法、访问权限层级、数据下载格式、分析工具要求等,源站未提供。使用者一般需要遵循 dbGaP 的访问规范,提交数据使用申请并获得相应授权后方可获取数据。由于源站未提供该数据集的具体使用说明,无法进一步描述其数据格式、配套文档或推荐分析流程。

【质量与限制】

该数据集的质量控制信息、样本质量评估、数据完整性、批次效应处理等,源站未提供。其限制方面,源站未提供具体说明。可以明确的是,该数据集为 dbGaP 收录的研究,设计类型为病例对照与队列,分类为肿瘤 / 其他。关于数据可能存在的偏倚、覆盖范围局限、人群代表性等问题,源站未提供,因此无法作出具体判断。

【引用与许可】

该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。通常 dbGaP 收录的数据集需要遵循 dbGaP 的数据使用协议与相关发表规范,但该数据集的具体引用要求、许可类型、使用限制等,源站未提供。使用者应参考 dbGaP 平台及源站发布的相关政策获取准确信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000869

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

dbGaP study (Case-Control, Cohort).

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