斑马鱼视通路肿瘤系的分子与细胞特征：胶质来源祖细胞在肿瘤发生中的作用

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• 源站标题：Molecular and Cellular Characterization of a Zebrafish Optic Pathway Tumor Line Implicates Glia-Derived Progenitors in Tumorigenesis
• DOI：10.1371/journal.pone.0114888
• 发布日期：2014-12-08
• 文件数：19 个
• 文件总体积：19.18 MB
• 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Molecular_and_Cellular_Characterization_of_a_Zebrafish_Optic_Pathway_Tumor_Line_Implicates_Glia_Derived_Progenitors_in_Tumorigenesis_/1264500

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文件清单

• S1_Figure.tif（1.20 MB）
• S2_Figure.tif（1.10 MB）
• S3_Figure.tif（1.78 MB）
• S4_Figure.tif（1.14 MB）
• S5_Figure.tif（2.80 MB）
• S6_Figure.tif（238.22 KB）
• S7_Figure.tif（647.01 KB）
• S8_Figure.tif（1.08 MB）
• S9_Figure.tif（206.37 KB）
• S1_Table.xls（76.29 KB）
• S2_Table.xlsx（9.48 KB）
• S3_Table.xlsx（9.51 KB）
• S4_Table.xlsx（34.68 KB）
• S5_Table.xlsx（35.79 KB）
• S6_Table.xlsx（9.43 KB）
• S7_Table.xlsx（8.77 MB）
• S8_Table.xlsx（12.99 KB）
• S9_Table.xlsx（37.42 KB）
• S1_Checklist.pdf（大小未知）

文件总体积 19.18 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

在本研究中，我们描述了一种在视路中发生肿瘤的斑马鱼突变体的分子和细胞特征。杂合Tg(flk1:RFP)is18转基因成鱼会发展出视网膜、视神经和视束的肿瘤。分子和遗传学定位表明，肿瘤表型与一个高拷贝数转基因阵列连锁，该阵列整合于3号染色体上的lincRNA基因lincRNAis18/Zv9_00007276中。利用TALENs分离到一个147kb的缺失等位基因，该缺失去除了lincRNAis18基因的外显子2–5。缺失等位基因纯合子可存活且不发展肿瘤，表明lincRNAis18位点的功能缺失并非肿瘤发生的触发因素。Tg(flk1:RFP)is18突变体中的视路肿瘤在1岁时外显率为80–100%。视网膜肿瘤高度血管化，由嵌入纤维基质中的大小不一的菊形团组成。免疫组化分析显示，胶质标志物GFAP和BLBP在整个视网膜肿瘤及发育不良的视神经中表达增加。

我们对肿瘤发生前的视网膜和视网膜肿瘤组织进行了转录组分析，发现放射状胶质细胞和星形胶质细胞（slc1a3）、活化胶质细胞（atf3、blbp、apoeb）、增殖性神经祖细胞（foxd3、nestin、cdh2、her9/hes1）以及胶质瘤标志物（S100β、vim）的基因表达特征发生了改变。转录组分析还揭示了cAMP、Stat3和Wnt信号转导通路的激活。qRT-PCR证实Wnt通路组分hbegfa、ascl1a和insm1a的表达上调超过10倍。综合这些数据表明，Müller胶质细胞和/或星形胶质细胞来源的祖细胞可能参与形成斑马鱼Tg(flk1:RFP)is18视路肿瘤。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0114888（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Molecular_and_Cellular_Characterization_of_a_Zebrafish_Optic_Pathway_Tumor_Line_Implicates_Glia_Derived_Progenitors_in_Tumorigenesis_/1264500）。