Mitelman 癌症染色体异常与基因融合数据库

Mitelman Database of Chromosome Aberrations and Gene Fusions in Cancer 中的信息将细胞遗传学改变及其基因组后果(特别是基因融合)与肿瘤特征相关联,依据的是个体病例或关联性

re3data
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基因组肿瘤染色体异常基因融合细胞遗传学肿瘤特征
Mitelman Database of Chromosome Aberrations and Gene Fusions in Cancer

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

Mitelman 癌症染色体异常与基因融合数据库

Mitelman Database of Chromosome Aberrations and Gene Fusions in Cancer 是一个聚焦肿瘤细胞遗传学改变及其基因组后果的专业数据库。该数据集将细胞遗传学变化与肿瘤特征联系起来,尤其关注这些变化在基因组层面产生的后果,特别是基因融合。其组织方式既可以基于个体病例,也可以基于关联性进行呈现,从而支持从单个病例视角和群体关联视角理解染色体异常与肿瘤之间的关系。该数据集收录于肿瘤/其他分类之下,来源站为 mitelmandatabase.isb-cgc.org,所有数据均由 Felix Mitelman 与 Bertil Johansson、Fredrik Mertens 合作,从文献中人工摘录整理而成。

【数据集背景】

肿瘤的发生发展常伴随染色体层面的异常,而这些异常又可能在基因组层面产生重要后果,例如形成基因融合。该数据库正是在这一背景下建立,旨在系统整理细胞遗传学改变及其基因组后果,并将其与肿瘤特征相关联。数据库的名称即体现了其核心关注点:癌症中的染色体异常与基因融合。通过把细胞遗传学变化与肿瘤特征置于同一框架下,该数据集为理解染色体异常在肿瘤中的意义提供了专门的数据基础。

【数据内容】

该数据集的内容围绕细胞遗传学改变、其基因组后果以及肿瘤特征三者之间的关联展开,其中基因融合是特别强调的基因组后果类型。数据既可以按个体病例组织,也可以按关联性组织,前者便于考察单个病例中染色体改变与肿瘤特征的关系,后者便于观察不同改变与特征之间的关联模式。数据覆盖的是癌症中的染色体异常与基因融合相关信息,具体字段、记录数量与统计指标源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的数据全部由 Felix Mitelman 与 Bertil Johansson、Fredrik Mertens 合作,从文献中人工摘录整理而来。这意味着其内容建立在已发表文献所报告的病例与关联信息之上,并经过人工筛选与整理。数据来源站为 mitelmandatabase.isb-cgc.org。除上述人工摘录方式与来源站信息外,具体的文献覆盖范围、更新频率与采集流程细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要将细胞遗传学改变及其基因组后果与肿瘤特征联系起来的研究与查询场景。由于数据同时支持个体病例与关联性两种组织方式,可用于考察特定病例中的染色体异常与基因融合情况,也可用于观察细胞遗传学改变与肿瘤特征之间的关联模式。对于关注基因融合作为基因组后果的研究,该数据集提供了专门整理的相关信息。具体适用的肿瘤类型范围与分析工具源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过来源站 mitelmandatabase.isb-cgc.org 提供访问。使用者可依据个体病例或关联性两种组织方式检索和浏览细胞遗传学改变、基因组后果(特别是基因融合)与肿瘤特征之间的关联信息。关于具体的检索界面、查询语法、数据下载格式与批量访问方式,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的数据由领域专家从文献中人工摘录整理,这一方式有助于保证内容与已发表报告的一致性,但其覆盖范围受所摘录文献的限制。数据以个体病例或关联性两种方式呈现,使用时应区分这两种组织层次的含义。关于数据的完整性、错误率、更新周期以及是否存在已知偏差,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集由 Felix Mitelman 与 Bertil Johansson、Fredrik Mertens 合作整理,来源站为 mitelmandatabase.isb-cgc.org。关于具体的引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://mitelmandatabase.isb-cgc.org/

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Mitelman癌症染色体异常与基因融合数据库中的信息,基于个体病例或关联性,将细胞遗传学变化及其基因组后果(特别是基因融合)与肿瘤特征联系起来。所有数据均由Felix Mitelman与Bertil Johansson和Fredrik Mertens合作,从文献中手动筛选而来。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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