甲基化谱揭示横纹肌肉瘤新分子类别

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE167059

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

横纹肌肉瘤（RMS）是一类侵袭性软组织肉瘤，可发生于儿童和成人。RMS的病理风险分层一直基于组织学亚型，与胚胎性横纹肌肉瘤（ERMS）相比，腺泡状横纹肌肉瘤（ARMS）和成人型多形性横纹肌肉瘤（PRMS）的预后较差。近期的基因组测序研究扩展了RMS的谱系，发现了若干新的分子定义实体，包括融合驱动的梭形细胞/硬化性横纹肌肉瘤（SC/SRMS）和MYOD1突变型SC/SRMS。既往的综合基因组分析已确定了较常见的ERMS和ARMS的突变谱和拷贝数谱，并揭示了相应的甲基化特征。相比之下，罕见的SC/SRMS或PRMS组织学亚型的遗传和表观遗传相关性尚未明确。在此，我们呈现了迄今分子特征最为明确的规模最大的RMS样本队列的基因组测序、拷贝数分析和甲基化谱分析。我们识别出两个新的甲基化亚型，其中一个具有SC/SRMS组织学特征，并由MYOD1 p.

L122R突变及其他相匹配的成人型PRMS。来自青少年患者的部分肿瘤与PRMS甲基化类别聚类在一起，从而扩展了这些罕见肿瘤的年龄范围。MYOD1突变组中的儿童患者，以及与PRMS聚类在一起的患者，似乎总体生存率较差。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。