CarcSeq量化Lorcaserin诱导的大鼠乳腺突变

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源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Abbd02691bd7cc1a630aa1973570d4cbcf300cb70cf421685d1b2697716f08973

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数据说明

氯卡色林是一种用于体重管理的药物，为血清素（5-羟色胺）2C受体的选择性激动剂。尽管氯卡色林是一种非遗传毒性的大鼠致癌物，但FDA的批准部分是基于剂量外推的考虑。一项旨在检测氯卡色林治疗潜在心血管效应的上市后研究CAMELLIA-TIMI，在氯卡色林治疗组中发现了过高的癌症风险。因此，进行了一项对接受氯卡色林治疗的大鼠的研究，以阐明氯卡色林诱导致癌作用的机制，并促进未来检测通过相同机制起作用的其他致癌物。另一研究目标是对CarcSeq在检测非遗传毒性致癌物的肿瘤相关效应方面的实用性进行表征。CarcSeq是一种误差校正的下一代测序方法，用于定量热点癌症驱动突变（CDMs）组合，并能检测突变分数（MFs）≥10^-4的突变。雌性Sprague Dawley大鼠被…，研究依据：有必要改进与暴露于各种测试物（包括旨在长期使用的药物）相关的致癌风险评估。

在检测非遗传毒性致癌物的致癌影响方面，这一需求尤为迫切。CarcSeq错误校正测序方法正是为满足这一需求而开发的。CarcSeq旨在量化包含热点癌症驱动突变（CDMs）的DNA片段中突变体的突变分数（MF，即给定位置上每个总特征碱基中的突变碱基数），这些片段涵盖Apc、Braf、Hras、Kras、Nfe2l2、Pik3ca、Setbp1、Stk11和Tp53等基因的部分区域。利用CarcSeq，研究显示，在正常人体组织[1]以及大鼠和小鼠的未处理组织（乳腺和肺）[2,3]中，存在MF大于或等于10^-4的CDMs。鉴于自发产生的CDMs对于由非…

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。