基底细胞癌中的长链非编码RNA

该数据集来自ebi.ac.uk,收录了基底细胞癌(BCC)患者与健康对照的非病变皮肤样本,通过芯片进行转录组表达谱检测,比较lncRNA与mRNA在肿瘤与对照皮肤中的表达差异

biostudies
浏览 2
基因组分类transcription profiling by arrayHomo sapiens
Long-noncoding RNAs in basal cell carcinoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-02

资源简介

基底细胞癌中的长链非编码RNA

该数据集聚焦于基底细胞癌(basal cell carcinoma, BCC)中长链非编码 RNA(long noncoding RNA, lncRNA)的表达特征,来源于公共数据平台 ebi.ac.uk,在本站归入肿瘤 / 其他类别。研究纳入 3 例基底细胞癌患者与 3 名健康个体作为对照,对照样本取自非病变皮肤。研究人员在局部麻醉下获取 4 mm 打孔活检样本,随即置于 RNAlater 中保存并于 -80 °C 冻存至 RNA 提取,随后以芯片技术开展转录组表达谱检测,系统比较肿瘤组织与非病变皮肤之间 lncRNA 与 mRNA 的表达差异。该数据集的主题标签为 transcription profiling by array 与 Homo sapiens,适合用于探索基底细胞癌中非编码 RNA 层面的表达改变及相关研究。

【数据集背景】

基底细胞癌是常见的皮肤肿瘤之一,其分子层面的改变,尤其是长链非编码 RNA 的表达变化,是理解肿瘤发生发展机制的重要切入点。该数据集围绕基底细胞癌患者与健康个体非病变皮肤之间的转录组差异展开,旨在通过芯片表达谱检测,揭示 lncRNA 与 mRNA 在肿瘤组织与对照皮肤中的表达差异,为后续相关机制研究与候选分子筛选提供数据基础。

【数据内容】

数据集收录的是基底细胞癌患者与健康对照非病变皮肤样本的转录组表达谱检测结果,检测对象同时涵盖 lncRNA 与 mRNA。研究设计为将 BCC 样本中的 lncRNA 和 mRNA 表达与非病变皮肤(对照)中的相应表达进行比较,从而获得两组之间表达差异的信息。主题标签显示其属于 transcription profiling by array 类型,物种为 Homo sapiens。样本规模为 3 例患者与 3 名健康个体。

【采集与来源】

样本采集在局部麻醉条件下进行,采用 4 mm 打孔活检获取皮肤组织。取材后样本立即放入 RNAlater(Qiagen, Hilden, Germany)中,并保存于 -80 °C,直至进行 RNA 提取。对照样本来自健康个体的非病变皮肤。数据来源站为 ebi.ac.uk。

【适用场景】

该数据集可用于基底细胞癌中 lncRNA 与 mRNA 表达差异的比较分析,适用于筛选在肿瘤组织与非病变皮肤之间表达发生改变的转录本,也可作为非编码 RNA 相关研究的数据参考。其芯片表达谱特征适合开展差异表达分析及候选分子挖掘等探索性工作。

【使用方法】

源站未提供。

【质量与限制】

该研究样本量较小,仅包含 3 例基底细胞癌患者与 3 名健康个体,结果的外推与统计效力需谨慎对待。样本类型为 4 mm 打孔活检的非病变皮肤作为对照,研究比较的是肿瘤组织与对照皮肤之间的表达差异。其他质量相关信息源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-GEOD-74858

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

E-GEOD-74858 基底细胞癌中长链非编码RNA的微阵列转录谱分析 EFO EFO_0002768 智人 本研究共纳入3例基底细胞癌(BCC)患者和3名健康个体(对照;非病变皮肤)。在……条件下获取4 mm打孔活检组织

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