ICGC 食管腺癌测序数据 - fc_paper_dna_release - 样本
该数据集来自 omicsdi.org，为 ICGC 食管腺癌测序数据中的样本集，对应 Mourikis 等人关于食管腺癌患者特异性癌症基因检测的研究
基本信息
资源简介
ICGC 食管腺癌测序数据 - fc_paper_dna_release - 样本
ICGC Oesophageal Adenocarcinoma sequence data - fc_paper_dna_release - samples 是收录于 omicsdi.org 的一组肿瘤基因组学数据，属于 ICGC 食管腺癌测序数据中的样本集。该数据集为 Mourikis 等人关于食管腺癌患者特异性癌症基因检测的研究提供数据支持，相关成果题为“Patient-specific detection of cancer genes reveals recurrently perturbed processes in esophageal adenocarcinoma”。数据以全基因组测序（WGS）产生的 BAM 文件形式组织，覆盖 521 个样本，主题标签为 Genomics，在本站归入肿瘤 / 其他分类。整体而言，这是一套面向食管腺癌基因组变异与患者特异性癌症基因识别研究的测序样本数据集合。
【数据集背景】
该数据集对应一项以食管腺癌为对象的研究，研究关注患者特异性的癌症基因检测，并据此揭示食管腺癌中反复受到扰动的生物学过程。数据集名称中的 fc_paper_dna_release 表明其为伴随论文发表的 DNA 测序数据发布版本，samples 则表明所提供的是样本层面的数据集合。数据集所属分类为肿瘤 / 其他，主题标签为 Genomics，说明其定位在肿瘤基因组学方向。
【数据内容】
数据内容为全基因组测序（WGS）数据，以 BAM 文件形式提供，共涉及 521 个样本。BAM 是测序读段比对到参考基因组后常用的二进制存储格式，通常用于后续的变异检测、拷贝数分析等基因组学分析。除上述格式与样本规模外，源站未提供关于样本类型、测序平台、读长、覆盖深度、文件大小及样本分组等更细的信息。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org，属于 ICGC 食管腺癌测序数据体系中的样本集，是为 Mourikis 等人论文提供支持的数据发布。源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批及具体的测序机构等信息。
【适用场景】
基于其内容与来源，该数据集适用于食管腺癌相关的基因组学研究，例如患者特异性癌症基因的识别、体细胞变异与拷贝数变异的检测，以及围绕研究中所述反复受扰动过程的验证性分析。也可用于与其他食管腺癌或肿瘤基因组数据集的比较研究。源站未提供关于具体分析流程或已验证应用场景的更多说明。
【使用方法】
数据以 BAM 文件形式提供，使用者通常需借助常规基因组学工具对 BAM 文件进行读段比对结果的处理、变异检测与下游统计分析。源站未提供下载方式、访问入口、参考基因组版本及配套分析脚本等具体使用说明。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、覆盖度、样本纳入排除标准及已知技术限制的信息。使用者应注意，该数据集为样本层面的测序数据集合，其可用性受源站发布状态与访问条件约束，具体限制源站未提供。
【引用与许可】
使用该数据集时应引用其所支持的论文：Mourikis 等人，“Patient-specific detection of cancer genes reveals recurrently perturbed processes in esophageal adenocarcinoma”。源站未提供该数据集的具体许可条款与使用协议信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004775
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Data supporting: “Patient-specific detection of cancer genes reveals recurrently perturbed processes in esophageal adenocarcinoma.” Mourikis et al. WGS (BAM files) 521 samples
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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