ICGC 食管腺癌测序数据 - 129_cohort 样本
该数据集为 ICGC 食管腺癌组织样本的测序数据,对应 129_cohort 队列的食管腺癌全基因组测序数据,来源于 omicsdi.org,相关成果发表于 Secrier & Li 等 2016 年 Nature Genetics

基本信息
资源简介
ICGC 食管腺癌测序数据 - 129_cohort 样本
ICGC Oesophageal Adenocarcinoma sequence data - 129_cohort - samples 是一个聚焦食管腺癌的基因组学数据集,收录了 ICGC 食管腺癌组织样本的测序数据,对应 129_cohort 队列的食管腺癌全基因组测序数据。该数据集来源于 omicsdi.org,在分类上归属于肿瘤 / 其他,主题标签为 Genomics。其相关研究成果发表于 Secrier & Li 等 2016 年 Nature Genetics。整体而言,该数据集以组织样本的测序数据为核心内容,面向食管腺癌的基因组学研究,为相关领域的分析工作提供数据基础。
【数据集背景】
该数据集围绕 ICGC 食管腺癌项目展开,对应 129_cohort 队列。食管腺癌是肿瘤研究中的关注对象之一,而全基因组测序数据能够从基因组层面支撑对该疾病的深入研究。该数据集所对应的研究成果发表于 Secrier & Li 等 2016 年 Nature Genetics,说明其数据与这一公开发表的研究工作直接相关。数据集在主题上被标注为 Genomics,在分类上归属于肿瘤 / 其他,体现了其作为肿瘤基因组学资源的定位。
【数据内容】
该数据集的内容为 ICGC 食管腺癌组织样本的测序数据,具体为 129_cohort 队列的食管腺癌全基因组测序数据。数据以组织样本为基础,覆盖全基因组测序层面。除上述范围界定外,关于样本的具体数量构成、测序平台、数据文件格式、数据规模等细节,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org,其源站描述指向 ICGC 食管腺癌组织样本的测序工作,对应 129_cohort 队列的食管腺癌全基因组测序数据,并与 Secrier & Li 等 2016 年 Nature Genetics 的发表成果相关联。关于样本采集的具体流程、伦理审批、采集地点与时间等信息,源站未提供。
【适用场景】
基于其内容定位,该数据集适用于食管腺癌相关的基因组学研究场景,例如围绕全基因组测序数据开展的肿瘤基因组分析。由于主题标签为 Genomics,其使用方向与基因组学分析相契合。关于具体的适用分析类型、研究设计或应用案例,源站未提供。
【使用方法】
源站未提供关于数据获取方式、访问权限、下载途径、文件组织结构和分析流程的具体说明。
【质量与限制】
该数据集对应已发表于 Secrier & Li 等 2016 年 Nature Genetics 的研究工作,其数据范围限定为 129_cohort 队列的食管腺癌全基因组测序数据。关于数据质量评估指标、覆盖度、完整性、批次效应以及使用中的其他限制,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集相关成果的引用信息为 Secrier & Li 等 2016 年 Nature Genetics。关于数据许可条款、使用协议及具体引用格式,源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001002218
标准获取流程:
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Sequencing data for ICGC Oesophageal Adenocarcinoma tissue samples - 129_cohort EAC whole genomic sequencing data - Publication Secrier & Li et al., 2016, Nature Genetics
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