Human Skin Cell Atlas 数据对象

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.20524280

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 114.26 GB。

数据说明

人类皮肤细胞图谱
本上传内容包含为人类皮肤细胞图谱（HSCA）项目及相关出版物生成的处理后数据对象（.h5ad 文件）。注意！最新版的单细胞元数据提供于 Metadata_HSCA_CellMetadata_Core_Extended.csv 数据表中。各个 .h5ad 文件可能包含与 Metadata_HSCA_CellMetadata_Core_Extended.csv 中不同的元数据条目。当文件之间的元数据值存在差异时，应以 Metadata_HSCA_CellMetadata_Core_Extended.csv 中的信息为准。Metadata_HSCA_CellMetadata_Core_Extended.csv 包含核心和扩展 HSCA 数据集的单细胞元数据，包括：研究和实验信息。供体（包括身体部位注释）、样本、文库制备、测序和比对元数据。质量控制指标。注释：原作者注释；核心 HSCA 细胞的整合 HSCA 注释级别 1–4。扩展 HSCA 细胞的级别 1 注释。所存交的数据集包括：针对不同注释级别和细胞类型子集的独立 AnnData 对象。与外部数据集的比对和整合结果。

一个扩展的 HSCA 数据集对象。Stereo-seq 和 Xenium 数据集的空间转录组学映射结果。元数据表、聚类注释、颜色映射以及差异基因表达分析文件。文件名前缀和后缀：Metadata：包含细胞、样本或所用聚类颜色相关元数据的文件。HSCA：Human Skin Cell Atlas 核心或扩展数据集。根据完整文件名，这些文件可能代表核心 HSCA 图谱、特定 HSCA 细胞类型子集、亚聚类水平对象或扩展 HSCA 数据集。Steele：在与 HSCA 参考整合或映射到 HSCA 参考后，源自 Steele 等人数据集的数据。Forsthuber：在与 HSCA 参考整合或映射到 HSCA 参考后，源自 Forsthuber 等人癌症相关成纤维细胞（CAF）数据集的数据。ObRe：

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。