Ewing肉瘤人类外显子芯片表达谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-16016

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尤文肉瘤家族肿瘤（ESFTs）是一种侵袭性肿瘤，推测起源于干细胞，目前亟需预后生物标志物和新型治疗方法。我们此前已证实，多梳基因BMI-1在ESFT中发挥癌基因功能。在多种人类癌症中，BMI-1高表达与不良预后相关。在本研究中，我们在一个大型原发性ESFT队列中评估了BMI-1表达水平变化的临床意义。对130例肿瘤进行免疫组化染色显示，绝大多数ESFT过表达BMI-1。然而，在20%的病例中，BMI-1水平较低或检测不到。值得注意的是，尽管BMI-1高表达与低表达肿瘤在临床表现和结局方面相似，但基因表达谱研究显示两者各自的基因表达谱存在显著差异。基因特异性富集分析发现，与BMI-1高表达肿瘤相比，BMI-1低表达肿瘤中若干癌症相关经典生物学通路显著下调，包括IGF1、mTOR和WNT通路。

与这些体内数据一致，IGF1-R抑制的体外研究表明，IGF1-R阻断的生长抑制效应在BMI-1低表达的ESFT细胞中减弱。不 over-express BMI-1 的 ESFT 代表一个新的亚类，具有独特的分子谱和癌症相关通路激活的改变。对来自新诊断ESFT患者的10份原发ESFT样本进行Affy HuEx 1.0阵列分析。免疫染色确认其中5例为BMI-1低表达者，5例为BMI-1高表达者。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。