KRAS突变结直肠肿瘤及异常隐窝灶的RRBS DNA甲基化分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE95654

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

结直肠癌（CRC）的特征是影响基因表达和基因组稳定性的全基因组DNA甲基化改变。然而，关于甲基化在结直肠癌发展最早阶段被破坏的程度，目前所知甚少。在本研究中，我们将激光捕获显微切割（LCM）与简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）相结合，以识别人类异常隐窝灶（ACF）——结直肠癌最早的假定前驱病变——中与癌症相关的DNA甲基化变化。通过该方法，我们为10例KRAS突变型ACF、10例携带KRAS突变的结直肠癌以及配对的正常黏膜样本生成了甲基化图谱。在ACF中鉴定出的811个差异甲基化区域（DMR）中，537个（66%）为高甲基化，274个（34%）为低甲基化。位于基因间区的DMR高度富集AP-1转录因子结合位点，且频繁呈现低甲基化。

此外，基因本体（GO）分析表明，与启动子相关的DMRs富集于参与肠道发育的基因，包括同源盒基因和Polycomb抑制复合物2（PRC2）的靶基因。与它们在结肠肿瘤最早阶段的作用一致，在ACF中鉴定出的甲基化变化有75%也存在于CRC样本中。总之，这些数据表明，DNA甲基化变化（包括显著的低甲基化）在早期结肠肿瘤中的发生频率高于此前认为的水平，并鉴定了ACF的表观基因组特征，这些特征可能为癌症化学预防提供新靶点，或有助于开发用于CRC风险的新生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。