GSE77732：干扰素γ对脊索瘤细胞的影响
可用于研究干扰素γ对脊索瘤细胞转录组的影响，支持差异表达分析与基因表达预测等任务（来源 NCBI）。源站首次发布：Feb 09 201
基本信息
资源简介
GSE77732：干扰素γ对脊索瘤细胞的影响
GSE77732 数据集聚焦于干扰素γ（Interferon Gamma）对脊索瘤（Chordoma）细胞的影响，通过微阵列分析评估 IFN-γ 诱导后的基因表达谱变化。该数据集来源于 NCBI，标题为“Affect of Interferon Gamma on Chordoma Cells”，以 UM-Chor1 细胞为研究对象，记录干扰素γ处理后的转录组表达特征。数据集包含 1 个文件，样例文件为 GSE77732_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式。作者为 James Hodge，源站首次发布时间为 Feb 09 201。该数据集属于肿瘤/其他分类，主题标签涉及表达谱芯片分析、GPL19251 平台及物种编号 9606，可用于研究干扰素γ对脊索瘤细胞转录组的影响，支持差异表达分析与基因表达预测等任务。
【数据集背景】
脊索瘤是一种肿瘤相关研究对象，本数据集关注干扰素γ对该类细胞的影响。源站描述指出，研究通过微阵列分析评估 UM-Chor1 细胞在 IFN-γ 诱导下的基因表达谱。该数据集的主题标签包括“Expression profiling by array”，表明其核心方法是基于芯片的表达谱分析；平台标识为 GPL19251，物种标识为 9606。数据集英文名称为“GSE77732: Affect of Interferon Gamma on Chordoma Cells”，源站标题为“Affect of Interferon Gamma on Chordoma Cells”，本站分类归入肿瘤/其他。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE77732_series_matrix.txt.gz，格式为 GZIP 压缩包。源站描述说明，该数据记录的是 UM-Chor1 细胞在 IFN-γ 诱导后的基因表达谱，通过微阵列分析获得。主题标签中包含 GPL19251 与 9606，分别对应芯片平台与物种信息。数据集以系列矩阵文件形式提供，适合按文件格式读取后进行表达谱相关分析。文件数量为 1，未提供更多分文件或补充材料信息。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，作者为 James Hodge，源站首次发布时间为 Feb 09 201。源站描述明确，IFN-γ 诱导的基因表达谱通过微阵列分析评估，研究对象为 UM-Chor1 细胞。数据集标题与英文名称均指向干扰素γ对脊索瘤细胞的影响。本站分类为肿瘤/其他，主题标签包括表达谱芯片分析、GPL19251 和 9606。除上述信息外，采样地点、样本数量、处理浓度与时间等细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于研究干扰素γ对脊索瘤细胞转录组的影响，支持差异表达分析与基因表达预测等任务。主题标签中的表达谱芯片分析表明其适用于基于微阵列的表达谱研究；GPL19251 与 9606 标签有助于在芯片平台和物种层面进行数据对接。由于数据聚焦 IFN-γ 诱导后的 UM-Chor1 细胞表达谱，适合用于干扰素γ相关基因表达变化的研究场景。其他具体应用方向源站未提供。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE77732_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入。该文件为系列矩阵形式，适合按文件格式解析后进行表达谱分析。由于文件数量为 1，使用时应以该文件为主要数据入口。更详细的读取参数、预处理步骤与分析流程源站未提供。
【质量与限制】
数据集仅包含 1 个文件，文件样例为 GSE77732_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩。源站描述较为简短，仅说明通过微阵列分析评估 IFN-γ 诱导的 UM-Chor1 细胞基因表达谱。样本数量、重复设置、质量控制指标、归一化方法等信息源站未提供。发布时间为 Feb 09 201，具体年份信息不完整。使用时应先核对字段与编码，确认数据完整性后再开展分析。其他质量评估细节源站未提供。
【引用与许可】
作者为 James Hodge，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站首次发布时间为 Feb 09 201。数据集英文名称为“GSE77732: Affect of Interferon Gamma on Chordoma Cells”，源站标题为“Affect of Interferon Gamma on Chordoma Cells”。引用时应结合源站信息进行标注。许可信息、使用条款与授权范围源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE77732
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
通过微阵列分析评估了UM-Chor1细胞在IFN-γ诱导下的基因表达谱。脊索瘤是一种源自脊索的罕见骨肿瘤，已显示对包括化疗和放疗在内的传统疗法具有抵抗性。免疫疗法有潜力对传统疗法抵抗的癌症有效。检查点抑制，包括程序性细胞死亡1（PD-1）/程序性细胞死亡蛋白1（PD-L1）阻断，在治疗多种癌症中显示出巨大前景。本研究的目的是探讨抗PD-L1抗体疗法对脊索瘤的潜力。为此，我们使用4种脊索瘤细胞系，检测了PD-L1的表达，并进行了体外NK细胞杀伤试验，以评估抗PD-L1抗体avelumab介导的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC）活性。在此，所有4种脊索瘤细胞系中PD-L1的表达均被IFN-γ显著上调，从而导致对ADCC的敏感性增加。
接下来，为了模拟接受肿瘤抗原特异性疫苗的患者，我们将脊索瘤细胞与短尾蛋白特异性CD8+ T细胞共同孵育，最终导致肿瘤细胞上PD-L1的显著上调，这一过程由CD8+ T细胞产生的IFN-γ介导。其功能上的结果是脊索瘤细胞对avelumab介导的ADCC变得敏感。最后，脊索瘤细胞中的驻留癌症干细胞亚群被avelumab介导的ADCC杀伤的程度与非癌症干细胞群体相同。我们的研究结果表明，avelumab在脊索瘤治疗中的潜力：a) 单独使用，使内源性NK细胞能够通过ADCC杀伤脊索瘤细胞；或b) 与T细胞免疫疗法（如疫苗）联合使用，利用增强的NK细胞通过ADCC杀伤脊索瘤细胞的能力。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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