食管鳞状细胞癌甲基化组与转录组整合分析数据集

资源简介

食管鳞状细胞癌甲基化组与转录组整合分析数据集

GSE71412 是 NCBI GEO 上的一个 SuperSeries，英文标题为“Integrated analysis of methylome and transcriptome of Esophageal Squamous Cell Carcinoma by using Next Generation Sequencing”，中文可译为“利用下一代测序对食管鳞状细胞癌进行甲基化组与转录组的整合分析”。该数据集围绕食管鳞状细胞癌，将甲基化组与转录组的高通量测序数据整合在一起，属于肿瘤领域的其他类数据资源。其主题标签涉及高通量测序的甲基化谱分析、平台编号 GPL16558 以及物种编号 9606。数据集由作者 noriko、nishi 发布，发布时间为 Jul 28 201，源站提供的数据文件共 1 个，样例文件名为 GSE71412_series_matrix.txt.gz，可供下载后按 GZIP 压缩包格式读取使用。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI GEO，源站标题明确指向食管鳞状细胞癌（Esophageal Squamous Cell Carcinoma）的甲基化组与转录组整合分析，所采用的技术路线为下一代测序（Next Generation Sequencing）。从标题可以看出，该研究的核心思路是把 DNA 甲基化层面的信息与基因转录层面的信息放在同一框架下考察，从而对食管鳞状细胞癌的表观遗传与表达特征进行联合分析。数据集在 GEO 中被组织为 SuperSeries，源站描述说明该 SuperSeries 由下列若干 SubSeries 组成，即整体数据由多个子系列汇集而成。本站将其归入肿瘤 / 其他分类，主题标签同时包含甲基化谱分析、平台 GPL16558 与物种编号 9606，表明数据涉及高通量测序甲基化谱测定，并对应人类物种。

【数据内容】

源站提供的数据文件数量为 1，文件样例为 GSE71412_series_matrix.txt.gz，即一个经过 GZIP 压缩的系列矩阵文件。该文件是该 SuperSeries 对外提供的可下载数据载体，通常用于承载系列层面的样本与特征信息。除该文件外，数据集中各 SubSeries 的具体样本数量、分组构成、测序读长、覆盖度、甲基化位点数量、基因表达定量指标等细节，源站未提供。数据所涉及的具体字段、编码方式与矩阵维度，也需以实际下载文件为准。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI 的 GEO 数据库。数据集作者为 noriko、nishi，发布时间为 Jul 28 201。主题标签中包含平台编号 GPL16558 与物种编号 9606，说明数据依托特定高通量测序平台产生并对应人类样本。关于样本的具体采集地点、伦理审批信息、临床队列构成、测序服务商与建库流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于食管鳞状细胞癌的甲基化组与转录组整合分析研究，可用于考察甲基化状态与基因表达之间的关联，也可作为表观遗传与转录层面联合分析的参考数据。由于主题标签标明为高通量测序甲基化谱分析，其数据形式适合用于甲基化谱相关的方法验证与探索性分析。具体到某一类分析任务是否适配，仍需结合下载文件的实际内容判断；源站未提供更细化的适用场景说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE71412_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因字段含义或编码差异导致解析错误。由于该数据集为 SuperSeries，若需追溯各子系列的具体数据，应结合源站所列 SubSeries 进一步获取；源站未提供具体的读取脚本、分析流程或参数设置。

【质量与限制】

该数据集为 GEO 上的 SuperSeries，源站描述仅说明其由下列 SubSeries 组成，未提供统一的质控指标、批次信息或数据完整性评估。文件数量为 1，意味着系列层面的信息集中在一个矩阵文件中，子系列的原始数据需另行获取。关于数据是否存在缺失值、批次效应、样本量是否充足等问题，源站未提供。使用时应注意 SuperSeries 与 SubSeries 之间的层级关系，避免将系列层面的汇总信息误作原始测序数据。

【引用与许可】

该数据集的作者为 noriko、nishi，发布时间为 Jul 28 201，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的具体引用文献、许可条款与使用限制，源站未提供。使用与再分发前，应自行查阅源站页面上的引用说明与使用政策。