肝脏急性雌二醇处理后雌激素受体介导应答的全基因组分析（ChIP-seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE70346

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基于雌激素的治疗具有众多生殖外效应。一方面，它们对腹部脂肪堆积、2型糖尿病、肝脏脂肪变性等具有保护性代谢作用。但另一方面，口服给药途径，推测是由于对肝脏来源凝血因子的肝脏影响，似乎会增加静脉血栓和肺栓塞的风险。因此，表征这些激素对肝脏基因表达调控的特征显得极为重要，但迄今为止，肝脏的雌激素敏感性转录组和ER cistrome是在慢性激素治疗下进行探索的。为了探索这些机制的早期步骤，我们在此确定了肝脏转录对急性E2给药反应的短期变化，并旨在表征使这些程序得以启动的机制。总体而言，通过比较表达或不表达ER的小鼠，我们的数据表明，急性给予E2会引起基因表达变化，这些变化与ER在高脂饮食喂养小鼠中通过E2预防肝脏脂肪变性的关键作用相吻合。

他们还发现，位于受调控基因直接邻近区域（距离小于3kb）的ER结合位点（BSs）比例高于在人类癌细胞模型中所确定的比例。除了ER cistrome在体内的这一特定方面外，我们还意外发现，40%的先驱因子Foxa2结合位点依赖于ER的表达，而ER间接影响了这些Foxa2位点周围携带二甲基化H3K4的核小体的分布。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。