细菌诱导KSHV再激活促进缺氧反应与表观遗传调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE67532

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数据说明

疱疹病毒常与细菌感染同时存在于体内多个部位，包括口腔、肠道和泌尿生殖道。在这些部位检测到复制中的病毒，促使人们研究细菌感染与卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）再激活之间的关系。利用一种潜伏感染KSHV的细胞系，我们检测了含有牙周和肠道病原体代谢产物的粗制废弃培养基能否再激活KSHV。与粗制废弃培养基孵育后，KSHV被再激活，我们检测到病毒早期和晚期基因、线性病毒基因组及病毒粒子的上调。此外，KSHV再激活与组蛋白H3和组蛋白H4乙酰化的整体增加相关，这与病毒表达相一致。为探究废弃培养基的转录效应，我们将牙龈卟啉单胞菌废弃培养基再激活后的基因表达变化，与两种公认的KSHV再激活药理学激活剂——十四烷酰佛波醇乙酸酯和丁酸钠——所引起的基因表达变化进行了比较。微阵列分析揭示了一种独特的基因表达特征，其中P.

与牙龈卟啉单胞菌相关的再激活。与KSHV再激活同时发生的是，牙龈卟啉单胞菌的培养上清液增强了缺氧反应。缺氧与对表观遗传调节因子的影响相关，包括下调UHRF1——一种DNA甲基化的调节因子。我们的研究结果表明，口腔细菌分泌的产物不仅刺激缺氧反应，还导致表观遗传修饰及修饰因子的全局性变化。这些发现提示，由牙龈卟啉单胞菌诱导的表观遗传变化是KSHV再激活途径的基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。