卵巢浆液性囊腺瘤与纤维瘤的分子特征 [表达谱]

该数据集来自 NCBI GEO,标题为卵巢浆液性囊腺瘤与纤维瘤的分子特征(表达谱),包含 1 个文件 GSE67223_series_matrix.txt.gz,基于 GPL6244 平台对人类(9606)样本进行表达谱分析

geo
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基因组分类Expression profiling by arrayGPL62449606
GSE67223: Molecular characterization of ovarian serous cystadenomas and fibromas [Expression]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-05

资源简介

卵巢浆液性囊腺瘤与纤维瘤的分子特征 [表达谱]

GSE67223 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达谱数据集,英文标题为“Molecular characterization of ovarian serous cystadenomas and fibromas [Expression]”,中文可译为“卵巢浆液性囊腺瘤与纤维瘤的分子特征(表达谱)”。该数据集围绕良性卵巢浆液性肿瘤的分子变化展开,比较对象包括囊腺瘤、囊腺纤维瘤与单纯纤维瘤。数据集由 Ian G. Campbell 提交,发布时间为 2014 年 3 月 24 日,在本站归类于“肿瘤 / 其他”。数据集仅包含 1 个文件,即 GSE67223_series_matrix.txt.gz,基于 GPL6244 平台对人类(9606)样本进行表达谱分析,主题标签为 Expression profiling by array。

【数据集背景】

该数据集的研究目标是对良性卵巢浆液性肿瘤(囊腺瘤与囊腺纤维瘤)的分子改变进行刻画,并将其与单纯纤维瘤进行比较。卵巢浆液性肿瘤在临床上包含多种良性形态,囊腺瘤与囊腺纤维瘤是其中常见的类型,而单纯纤维瘤在组织学构成上有所不同。通过表达谱层面的比较,研究者希望揭示这些良性病变之间在基因表达上的差异,从而为理解其分子特征提供线索。源站描述明确指出了这一比较框架,即“characterize the molecular changes in benign serous ovarian tumors (cystadenomas and cystadenofibromas) in comparison to pure fibromas”。

【数据内容】

数据集的核心内容是一份表达谱矩阵文件,文件名为 GSE67223_series_matrix.txt.gz。该文件以 GZIP 压缩格式提供,属于系列矩阵(series matrix)类型的汇总文件,通常用于承载样本层面的表达测量值及相关的样本注释信息。数据集主题标签中包含“Expression profiling by array”,表明数据来源于微阵列(芯片)表达谱技术;平台标识为 GPL6244;物种标识为 9606,即人类。数据集文件数量为 1,意味着该系列的表达数据集中在这一个压缩文件中,未附带其他单独的数据文件。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),源站标题与数据集英文标题一致,均为“Molecular characterization of ovarian serous cystadenomas and fibromas [Expression]”。数据由 Ian G. Campbell 提交,发布时间为 2014 年 3 月 24 日。样本物种为人类(9606),检测平台为 GPL6244,检测类型为微阵列表达谱分析。关于样本的具体收集地点、伦理审批信息、样本量、临床分期与病理分级等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于围绕良性卵巢浆液性肿瘤分子特征开展的分析工作,例如比较囊腺瘤、囊腺纤维瘤与单纯纤维瘤之间的基因表达差异,探索不同良性病变类型在转录层面的区分特征,或作为卵巢肿瘤相关表达谱研究的辅助参考数据。由于数据以系列矩阵文件形式提供,也可用于方法学层面的练习,如芯片表达数据的读取、样本注释整理与差异表达分析的流程搭建。需要说明的是,该数据集聚焦于良性病变的分子刻画,其适用性应结合具体研究问题判断,源站未提供关于数据用于其他疾病或人群的说明。

【使用方法】

使用该数据集时,首先下载数据文件 GSE67223_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包,读取前需先解压,再按文本矩阵格式解析。建议先在小样本上核对字段与编码,确认样本标识、平台信息与表达值格式无误后,再批量接入后续分析流程。由于文件为系列矩阵形式,通常需要结合平台注释信息对探针标识进行解读;平台注释的具体获取方式源站未提供。分析过程中应注意保持样本分组信息与表达矩阵的对应关系,避免因字段解析错误导致分组错位。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件,数据组织相对简单,便于直接获取与读取。其表达谱基于微阵列平台 GPL6244,属于芯片类数据,分析时需考虑平台探针注释与数据预处理的影响。数据集未提供样本量、临床信息、重复实验设置及质控指标等细节,源站未提供相关内容,因此在使用时对数据覆盖范围与统计效力的判断需保持谨慎。此外,该数据集针对良性卵巢浆液性肿瘤与纤维瘤的比较,结论外推到其他肿瘤类型或恶性病变时缺乏依据。

【引用与许可】

该数据集的提交者为 Ian G. Campbell,来源站为 NCBI GEO。关于该数据集的具体引用文献、使用许可条款与再分发要求,源站未提供,使用前应前往源站页面查阅相关说明并遵循其规定。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE67223

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在表征良性浆液性卵巢肿瘤(囊腺瘤和囊腺纤维瘤)相较于纯纤维瘤的分子变化特征。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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