成纤维细胞与癌细胞体外对抗:转录组变化的基因网络分析及抑制肿瘤生长的差异能力

该数据集来自 NCBI GEO(GSE57199),采用全基因组微阵列分析八种具有不同抑制能力的成纤维细胞,比较其基因表达谱

geo
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基因组分类Expression profiling by arrayGPL115329606
GSE57199: Confrontation of fibroblasts with cancer cells in vitro: gene network analysis of transcriptome changes and differential capacity to inhibit tumor growth

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-02

资源简介

成纤维细胞与癌细胞体外对抗:转录组变化的基因网络分析及抑制肿瘤生长的差异能力

GSE57199 数据集来自 NCBI GEO,主题为体外将成纤维细胞与癌细胞共培养(对抗)后转录组变化的基因网络分析,以及不同成纤维细胞抑制肿瘤生长能力的差异。该数据集采用全基因组微阵列,对八种具有不同抑制能力的成纤维细胞进行分析,比较其基因表达谱。数据集归类于肿瘤/其他方向,包含 1 个文件,样例文件为 GSE57199_series_matrix.txt.gz,作者为 Hayrettin、Guven,发布时间为 Apr 30 201。主题标签涉及 Expression profiling by array、GPL11532 和 9606。整体上,该数据集适合用于研究成纤维细胞与癌细胞相互作用中的基因表达差异及其与肿瘤抑制能力的关联。

【数据集背景】

该数据集围绕体外将成纤维细胞与癌细胞共培养(对抗)这一实验情境展开,关注转录组变化背后的基因网络,并进一步分析不同成纤维细胞在抑制肿瘤生长能力上的差异。源站标题明确指向“gene network analysis of transcriptome changes and differential capacity to inhibit tumor growth”,说明其研究目标包括基因网络层面的转录组变化分析,以及成纤维细胞抑制肿瘤生长能力的差异比较。数据集所属分类为肿瘤/其他,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据内容】

源站描述指出,研究分析了八种具有不同抑制能力的成纤维细胞,并通过全基因组微阵列比较其基因表达谱。数据集文件数量为 1,文件样例为 GSE57199_series_matrix.txt.gz。主题标签包括 Expression profiling by array、GPL11532 和 9606,分别对应表达谱芯片、平台标识与物种标识。除上述信息外,源站未提供更细的样本分组、基因数量或差异表达结果等具体内容。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO,编号为 GSE57199,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。作者为 Hayrettin、Guven,发布时间为 Apr 30 201。数据通过全基因组微阵列对八种具有不同抑制能力的成纤维细胞进行基因表达谱分析。关于样本制备、培养条件、芯片杂交与扫描等实验细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于体外成纤维细胞与癌细胞相互作用相关的转录组研究,适合比较不同抑制能力的成纤维细胞之间的基因表达谱差异,并可用于基因网络分析方向的探索。其主题标签表明数据属于微阵列表达谱类型,物种标识为 9606。除此之外的具体应用场景,源站未提供。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE57199_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。关于数据文件的字段结构、注释信息与预处理步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件,文件样例为 GSE57199_series_matrix.txt.gz。源站描述仅说明对八种具有不同抑制能力的成纤维细胞进行了全基因组微阵列比较,未提供重复数、质量控制指标、归一化方法或批次信息等质量相关细节。因此,关于数据质量的进一步评估,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Hayrettin、Guven,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式与许可条款,源站未提供。

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使用方式

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE57199

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

采用全基因组微阵列技术,对八种具有不同抑制能力的成纤维细胞进行了基因表达谱的分析与比较。

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