脊索瘤细胞异质性形态学、基因组与转录组特征数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE48779

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

经典型骶尾部脊索瘤肿瘤呈现典型形态，即分叶状黏液样肿瘤组织，其中含有由小非空泡细胞、具有广泛空泡化程度的中间细胞以及重度空泡化的大细胞（physaliferous细胞）构成的索、链和巢状肿瘤细胞。由于其发病率低、缺乏合适的模型系统以及技术限制，分析仅针对整体肿瘤块进行，忽略了其异质性组成。我们旨在阐明小非空泡细胞与大physaliferous细胞在基因组和转录组水平上的差异。其次，我们意图澄清所观察到的细胞类型是来源于遗传上不同的克隆，还是代表不同的表型。使用脊索瘤细胞系MUG-Chor1，我们通过延时实验监测形态学变化。我们借助激光显微切割或显微操作分离每种表型的纯组分，从而进行表型特异性分析。每100个细胞的池经全基因组扩增后通过阵列比较基因组杂交进行遗传学分析。

为进行表达分析，各取20个细胞进行全转录组扩增，随后送检RNA微阵列分析和qRT-PCR。延时分析揭示，小的非空泡细胞通过含空泡量逐渐增加的中间细胞发育为大的空泡细胞。此外，我们发现小和大空泡细胞以相同速率增殖，但中间细胞是增殖最活跃的细胞表型。小非空泡细胞和大空泡细胞显示出相同的拷贝数变异。尽管它们存在明显的形态差异，我们检测到的整体基因表达变化却较为有限。然而，候选基因验证显示，大空泡细胞中ALG11（700倍）、PPP2CB（18.6倍）和UCHL3（18.7倍）显著上调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。