GSE48418：NOTCH与IGFR通路miRNA监视缺失与肉瘤发生[Illumina]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE48418

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究的目的是比较分析人软骨肉瘤JJ012细胞系与软骨细胞C28细胞系（对照）中差异表达的miRNA及其靶点，以阐明肉瘤发生过程中主要信号转导通路的失调机制。研究进行了总RNA提取，随后分析RNA质量和完整性，使用Exiqon人类miRNA检测面板（包含743个独特miRNA检测），采用Illumina微阵列HT12平台，并对靶点进行qRT-PCR验证。使用人类Exiqon阵列以生物学三重复比较软骨肉瘤细胞系与对照C28软骨细胞系，检测到189个下调miRNA和147个上调miRNA。共检测到3045个靶基因，其中上调与下调miRNA之间存在587个共同靶基因和2458个独特靶基因。上调的miRNA与侵袭性表型的促进相关，大多数下调的miRNA为抑癌基因。上调miRNA的上调靶点中包括位于X染色体上的癌睾丸抗原（CTA）基因簇，这些是导致肉瘤发生的主要信号转导通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。