隆突性皮肤纤维肉瘤基因表达谱数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3930

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

隆突性皮肤纤维肉瘤（DFSP）是一种侵袭性梭形细胞肿瘤。它与染色体易位t(17:22)相关，该易位使COL1A1基因与PDGFbeta基因融合。我们确定了DFSP的特征性基因表达谱，并通过基于微阵列的比较基因组杂交（array CGH）分析了DFSP中的DNA拷贝数变化。对DFSP的新鲜冷冻样本和福尔马林固定、石蜡包埋样本进行了array CGH分析（4例）和全基因组表达的DNA微阵列分析（9例）。根据基因表达模式，这9例DFSP可与其他27例不同的软组织肿瘤明确区分。DFSP中特征性表达的基因包括PDGFbeta及其受体PDGFRB、APOD、MEOX1、PLA2R和PRKCA。从冷冻肿瘤样本或石蜡块中提取的DNA进行array CGH分析所得结果相当。在DFSP中，分别以COL1A1和PDGFbeta为边界的17q和22q染色体大片区域发生扩增。扩增区域内基因的表达显著升高。

我们的数据表明：1）DFSP具有独特的基因表达谱；2）阵列CGH可成功应用于冷冻或福尔马林固定、石蜡包埋的肿瘤样本；3）分别以COL1A1和PDGFbeta基因界定的17q和22q染色体序列的特征性扩增与扩增基因的表达升高相关。疾病状态实验设计类型是指研究某种疾病状态（如感染、病理、综合征等）的设计。关键词：疾病状态设计

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。