GSE348233:matrikine 组织树突状细胞–T 细胞三联体以构建三级淋巴结构
研究主题为 matrikine 如何组织树突状细胞–T 细胞三联体以构建三级淋巴结构,涉及 versican 蛋白水解产物 versikine 对 cDC 与 T 细胞亚群的调控

基本信息
资源简介
GSE348233:matrikine 组织树突状细胞–T 细胞三联体以构建三级淋巴结构
A matrikine organizes the dendritic cell–T cell triads that build tertiary lymphoid structures
该数据集来自 NCBI GEO,编号 GSE348233,包含 1 个文件 GSE348233_series_matrix.txt.gz,基于高通量测序的表达谱数据,物种为小鼠(10090),平台为 GPL24247。研究主题为 matrikine 如何组织树突状细胞–T 细胞三联体以构建三级淋巴结构,涉及 versican 蛋白水解产物 versikine 对 cDC 与 T 细胞亚群的调控。数据可用于分析肿瘤基质中三级淋巴结构组装相关的基因表达变化,以及 versikine 处理对免疫细胞互作的影响(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Sep 22 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):三级淋巴结构(TLS)可预测检查点抑制治疗的应答,而常规树突状细胞(cDC)是构建和维持 TLS 所必需的。目前尚不清楚是什么使生态位允许其组装:趋化因子招募细胞组分,但并未指定它们如何组织。在此我们表明,组织信号是一种基质片段。蛋白聚糖 versican(VCAN)的蛋白水解在生发中心明区组成性释放、在肿瘤基质中可诱导释放 matricine versikine。Versikine 激活 CD11b⁺ cDC 并扩增 cDC1,以组装 TLS 原型三联体,即相邻的 DC:CD4⁺T:CD8⁺T 单元。经 versikine 处理的 DC 与祖细胞耗竭 CD8⁺ T 细胞(Tpex)和 Th1 极化的滤泡辅助 CD4⁺ T 细胞结合。过量未蛋白水解的 VCAN 将此逆转为 DC–Treg 串扰和 Tpex 丢失。以 mRNA 或重组蛋白形式提供的 Versikine 使
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL24247、10090。本站分类:肿瘤/其他。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE348233
【使用注意】
· 源站最后修改于 Sep 30 202,引用时请注意版本时效。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE348233
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
三级淋巴结构(TLS)可预测对检查点抑制的应答,而常规树突状细胞(cDC)是构建和维持TLS所必需的。何种因素使微环境允许其组装尚不清楚:趋化因子招募细胞组分,但并未指明它们如何组织。本研究表明,组织信号是一种基质片段。对蛋白聚糖多功能蛋白聚糖(VCAN)的蛋白水解可释放基质因子versikine,其在生发中心明区呈组成性存在,在肿瘤基质中则可被诱导产生。Versikine激活CD11b⁺ cDC并扩增cDC1,以组装TLS典型三联体,即相邻的DC:CD4⁺T:CD8⁺T单元。经Versikine处理的DC与祖细胞耗竭型CD8⁺ T细胞(Tpex)及Th1极化的滤泡辅助性CD4⁺ T细胞相互作用。过量未蛋白水解的VCAN则将此逆转为DC–Treg串扰和Tpex丢失。以mRNA或重组蛋白形式提供的Versikine可使难治性肿瘤对PD-L1阻断敏感。VCAN蛋白水解可前瞻性预测转移性结直肠癌中PD-1阻断后的结局。基质因子将趋化因子招募的细胞组织成功能性免疫微环境。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。




